Patofizyolojik bağlamda, yapılandırma bozuklukları genellikle organogenez anomalileri, hücre iskeleti proteinlerindeki mutasyonlar (örn. mikrotübül ilişkili tau proteininin yanlış yapılandırması Alzheimer patolojisinde görüldüğü gibi) ya da sinaptik bağlantıların anormal yoğunlaşması (otizm spektrumunda rastlanan dendritik diken disgenesi) şeklinde kendini gösterir. Ayarlama bozuklukları ise daha çok allostatik yük birikimi, reseptör desensitizasyonu (örn. β2-adrenerjik reseptörlerin uzun süreli agonist maruziyetinde içselleşmesi) veya geri besleme döngülerinin işlev kaybı ile karakterizedir.
Mekanizmalar düzeyinde, yapılandırma süreçleri hücre dışı matriks – integrin – sitoskeletal sinyalizasyonu, epigenetik DNA metilasyon kalıpları ve uzun kodlamayan RNA’lar aracılığıyla kromatin yeniden düzenlenmesi gibi çok katmanlı olaylarla yürütülür. Ayarlama ise ikinci haberciler (cAMP, Ca²⁺, IP₃), kinaz ve fosfataz ağları ile nöromodülatör sistemler (dopamin, serotonin, asetilkolin) üzerinden anlık, saatlik veya sirkadiyen zaman ölçeklerinde işler. Önemli bir nedensel ilişki şudur: Patolojik bir uyaran (örneğin kronik inflamatuar sitokin yüksekliği) uzun vadede hücre içi yapılandırma programlarını (NF-κB aracılı gen ekspresyonu, miyofibroblast farklılaşması) kalıcı olarak değiştirir; bu yeni yapılandırma ise dokunun ayarlama yetisini daraltarak allostatik yükün daha da artmasına yol açar. Böylece yapılandırma ile ayarlama arasında patofizyolojik bir kısır döngü ortaya çıkar.
