Sodyum hipokloritin toksik etkisi, temelde korozif (aşındırıcı) özelliğine dayanır. Oral yolla alındığında, mukoza yüzeyindeki proteinleri denatüre ederek koagülasyon nekrozuna yol açar. Bu süreç, ağız, farinks, özofagus ve mide mukozasında eritemden başlayarak, şiddetli vakalarda ülserasyon, nekroz ve perforasyona kadar ilerleyebilir. Ayrıca, yüksek konsantrasyonlarda metabolik asidoz, hipernatremi ve hiperkloremi gibi sistemik elektrolit bozuklukları da gözlemlenebilir.
Solunum yoluyla maruziyette ise, hipoklorit çözeltisinden açığa çıkan klor gazı (Cl₂) nedeniyle öksürük, göğüs sıkışması, bronkospazm ve non-kardiyojenik pulmoner ödem gelişebilir. Özellikle çamaşır suyunun tuz ruhu (hidroklorik asit) ile karıştırılması durumunda klor gazı açığa çıkarak ciddi solunum sistemi hasarına neden olabilir.
