Virüs ilk olarak 2019’un sonunda Çin’de ortaya çıktı ve sonraki haftalarda Çin’de (Pekin, Şangay, Hong Kong, Guangdong eyaleti) ve Asya’nın geri kalanında Tayland (13.1.), Japonya’da (15.1.) İlk vakalarla hızla yayıldı, Güney Kore (20 Ocak), Tayvan (21 Ocak), Singapur (23 Ocak) ve Vietnam (24 Ocak). Asya dışında virüs ABD (21 Ocak), Fransa (24 Ocak), Kanada (26 Ocak), Almanya (28 Ocak) ve diğer birçok ülkede ortaya çıktı.
Enfeksiyonun kesin kaynağı halen belirsizdir (5/2020). Wuhan’daki balık pazarı başlangıçta başlangıç noktası olarak belirlendi. Orada, belgelenen ilk enfeksiyon vakası 1 Aralık 2019 için planlanabilir. Sonraki araştırmalar, Hubei eyaletinden bir hastanın 17 Kasım 2019’da zaten hasta olduğunu ortaya koydu. Sözde hasta 0 olabilir. Virüs genomunun bir analizine dayanarak, COVID-19 salgınının başlangıcı 13 Eylül ile 7 Aralık 2019 arasındaki bir zaman aralığında tarihlendirilebilir.
23 Ocak 2020’de Wuhan bölgesi için kapsamlı seyahat yasakları da dahil olmak üzere karantina önlemleri açıklandı. Bu tedbirler takip eden günlerde genişletilmiş ve dahil edilmiştir. Kamu tesislerinin ve üretim tesislerinin kapatılması ve sokağa çıkma yasağı.
Tarihsel olaylar
- 30 Ocak 2020 DSÖ, uluslararası sağlık acil durumunun (‘Uluslararası Endişelerin Halk Sağlığı Acil Durumları’) olduğunu ilan etti.
- 22/23 Şubat 2020 İtalya’da hastalık vakalarında hızlı artış. Kuzey İtalya’daki bazı belediyeleri mühürlemek. Birkaç gün içinde, hasta sayısı 2.500’den fazla vakaya şişer.
- 26/27 Şubat 2020 Almanya’daki hastalık sayısında önemli artış. Heinsberg’de (NRW) yaklaşık 1000 kişi yerli karantina altına alınmıştır.
- 8.3.2020 Almanya’daki enfekte kişilerin sayısı 1.000 kişinin eşiğini aşıyor.
- 9.3.2020 İlk iki ölüm Almanya’da meydana geldi.
- 11 Mart 2020 DSÖ, COVID-19 salgını salgını ilan etti.
- 15.3.2020 Çin dışındaki enfekte kişilerin sayısı, Çin’deki enfekte kişilerin sayısını aşıyor.
- 16 Mart 2020 Çin dışındaki ölüm sayısı, Çin’deki ölüm sayısını aşıyor.
- 26 Mart 2020 ABD, Çin’i enfeksiyon istatistiklerinde ilk sıraya yerleştiriyor.
- 2.4.2020 Dünya çapında 1.000.000’dan fazla enfeksiyon vakası bildirilmiştir. Almanya’daki enfeksiyon sayısı Çin’deki enfeksiyon sayısını aşıyor. Almanya’daki ölümlerin sayısı 1.000’i geride bırakıyor.
- 10.4.2020 Küresel ölümlerin sayısı 100.000 kişiyi aşıyor.
- 11 Nisan 2020 ABD’de enfekte olan 500.000’den fazla insan
- 15 Nisan 2020 Dünya çapında 2.000.000’dan fazla enfeksiyon vakası bildirilmiştir.
- 24.04.2020 ABD’de 50.000’den fazla COVID-19 ölümü
- 11 Nisan 2020 ABD’de 1.000.000’dan fazla enfekte insan
- 10 Mayıs 2020 Dünya çapında 4.000.000’dan fazla enfeksiyon vakası bildirilmiştir.
- 21 Mayıs 2020 Dünya çapında 5.000.000’dan fazla enfeksiyon vakası bildirilmiştir.
Genetik
- SARS-CoV-2’nin virüs genomu ilk kez 2 Ocak 2020’de tamamen dizildi ve 11 Ocak 2020’de yayınlandı. Yaklaşık 30 kbp içerir ve açık okuma çerçevesi proteinleri (ORF), yapısal olmayan proteinler (NSP) ve yapısal proteinler (S, E, M, N) olarak etiketlenen birkaç proteini kodlar:
- 7.096 amino asit (AA) uzunluğunda ORF1ab poliproteini, aşağıdakilerden oluşur:
- NSP1: 180 aa; Konak çeviri inhibitörü, konak hücrenin RNA’sını keser
- NSP2: 638 aa; Prohibitin (PHB) ile olası etkileşim
- NSP3: 1.945 aa; Papain benzeri proteaz (PL-PRO)
- NSP4: 500 aa; muhtemelen vezikül oluşumunu destekler
- NSP5: 306 aa; 3C benzeri proteinaz (3CL-PRO), poliproteinin C terminalini keser
- NSP6: 290 aa; otofagozom oluşumunu etkiler
- NSP7: 83 aa; NSP8 (8: 8) ile bir heksadecamer oluşturur, olası primat aktivitesi
- NSP8: 198 aa; yukarıyı görmek
- NSP9: 113 aa; ssRNA bağlayıcı protein
- NSP10: 139 aa; ekzoribonükleaz (NSP14) ve O-riboz metiltransferazı (NSP16) uyarır
- NSP12: 932 aa; RNA’ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp)
- NSP13: 601 aa; Helikaz, çinko parmaklı çok fonksiyonlu enzim.
- NSP14: 527 aa; Guanine N7 metiltransferaz, ekzoribonükleaz aktivitesine sahiptir
- NSP15: 346 aa; Üridilata özgü endoribonükleaz (EndoRNAse)
- NSP16: 298 aa; O-riboz metiltransferaz, bağışıklıktan kaçınma için önemli
- 1.273 aa uzun yüzey glikoproteini (S, ‘başak’)
- 275 aa uzun ORF3a proteini
- 75 uzun AS yapısal veya zarf proteini (E, ‘zarf’)
- 222 aa uzun membran glikoproteini (M, ‘matris’)
- 61 aa uzun ORF6 proteini
- 121 aa uzun ORF7a proteini
- 43 aa uzun ORF7b proteini
- 121 aa uzun ORF8 proteini
- 419 aa uzun nükleokapsid fosfoprotein (N, ‘nükleoprotein’)
- 38 aa uzun ORF10 proteini
- Genomun 5 ‘ve 3’ uçlarında kısa çevrilmemiş bölgeler (UTR’ler) vardır.
SARS-CoV-2’nin genetik varyansı, diğer RNA virüslerine kıyasla nispeten küçüktür, çünkü koronavirüslerin daha büyük ve karmaşık genomlarından dolayı bir transkripsiyon hatası düzeltmesine sahip olma olasılığı çok yüksektir. Virüs mutasyonu esas olarak eşanlamlı olmayan veya eşanlamlı olabilen tek nükleotid polimorfizmlerine (SNP’ler) yol açar. bir amino asit değişikliği içerebilir veya içermeyebilir. Şu anda (9/2020) 100’den fazla mutasyon bilinmektedir, örnekler T8782C, C28144T veya G26144T’dir. Çoğu durumda, mutasyonlar virüs özelliklerini değiştirmez. Bazı mutasyonlar, ör. Ancak D614G, enfektivitenin artmasına neden olur. Bu mutantlar, daha az bulaşıcı virüs varyantlarından daha geniş yayılır.
Mutasyonlar, virüsün küresel yayılımının izlenmesini mümkün kılar. Ayrıca, farklı virüs türleri temelde ayırt edilebilir. Bununla birlikte, şu ana kadar gözlemlenen virüs genomundaki farklılıkların böyle bir alt bölümü haklı gösterip göstermediği, virologlar arasında tartışmalıdır.
100’den fazla virüs izolatının analizine dayanarak, SARS-CoV-2’nin iki ana genetik varyantı başlangıçta farklılaştırıldı ve bunlar L tipi ve S tipi olarak anıldı. 2 SNP’de farklılık gösterirler. L-tipi muhtemelen S-tipinden evrimleşmiştir ve daha yaygın ve ‘daha agresif’ varyanttır.
Farklı ülkelerden 160 virüs izolatı ile yapılan başka bir çalışma, virüsü A, B ve C tipine ayırdı, A tipi en eski virüs varyantıydı. A ve C tipleri en çok Avrupa ve Amerika’da, B tipi Asya’da yaygındır.
Mikrobiyoloji