Tight junction

Eşanlamlı: Zonula occludens; zonula kelimesi küçük bölge veya çevreleyen kuşak anlamına gelen kelimelerden gelirken, occludens Latince kapatmak anlamına gelen occludere kelimesinden gelmektedir. Zonula occludens (ZO), sıkı bağlantı noktasını her bir hücrenin iç iskeletine (hücre iskeleti) bağlamaya yardımcı olan proteinlerdir.

ingilizcede, dar bağlantı anlamına gelir.
Membran proteinlerinden oluşmuş, omurgalılarda epithel hücrelerini bağlar.
Hücrenin polarlığını sürdürebilmesi için zorunlu bir bağlantıdır.

Histoloji

Sıkı bağlantılar, başta claudinler ve occludin olmak üzere özelleşmiş transmembran proteinleri tarafından oluşturulan dar şeritlerden oluşan bir ağdan oluşur. Bu proteinlerin hücre dışı alanları birbirine bağlanarak hücre kavşağını oluştururken, hücre içi alanları hücrenin hücre iskeletine bağlanır.

Sıkı bağlantılar tüm hücre çevresini bir kuşak gibi sarar ve bu şekilde epitel hücre birliğinde paraselüler bariyer olarak da adlandırılan tutarlı bir difüzyon bariyeri oluşturur. Madde bakımından fakir hücreler arası boşluğun fiilen kapanmasını sağlar.

Fonksiyonlar

Sıkı bağlantıların 3 ana işlevi vardır:

Mekanik işlev

Sıkı bağlantılar, katılımcı hücrelerin hücre iskeletlerini birbirine bağlayarak epitel hücre birliğini mekanik olarak stabilize etmeye hizmet eder ve böylece tüm epitel hücrelerini doku yapısına dahil eder.

Bariyer işlevi

Epitelde, hücreler arası boşluğun sıkı bağlantılar tarafından kapatılması, transsitoz için ön koşuldur. Epitel boyunca moleküllerin ve iyonların paraselüler penetrasyonunu ve aynı zamanda vücut sıvılarının dışarı akışını önlerler. Sıkı bağlantılar ayrıca istilacı mikroorganizmalara karşı bir koruma oluşturur.

Çit işlevi

Sıkı bağlantılar, hücre zarı boyunca zar bileşenlerinin serbestçe yüzmesini önler ve böylece epitel hücrelerinin polaritesini, yani farklı bir zar yapısına sahip bir apikal ve bir bazal hücre kutbuna bölünmesini korur. Bu görev “çit işlevi” olarak adlandırılır.

8. Nisan 2015

replikasyon

-genetik bilginin kopyalanma işlemine denir.
-5′ bölgeden, 3′ bölgeye doğrudur.
-a ve t kısımlarındaki bölgeden başlar.

8. Nisan 201510. Ağustos 2024

TATA box

TATA kutusu, birçok ökaryotik genin promotör bölgesinde bulunan ve transkripsiyonun başlatılmasında önemli bir rol oynayan çok önemli bir DNA dizisidir. Tipik olarak adenin (A) ve timin (T) bazları bakımından zengin olan bu dizi ilk olarak 1978 yılında Michael L. Goldberg ve David S. Hogness tarafından tanımlanmıştır. Araştırmaları, TATA kutusunu, özellikle ökaryotlarda transkripsiyon faktörlerinin bağlanmasını kolaylaştıran önemli bir düzenleyici unsur olarak vurgulamıştır.

TATA kutusu, özellikle TATA bağlayıcı protein (TBP) ve diğer ilişkili faktörleri içeren bir kompleks olan transkripsiyon faktörü TFIID tarafından tanınır. TFIID’in TATA kutusuna bağlanması, RNA polimeraz II’nin işe alınması ve ardından transkripsiyonun başlatılması için gerekli olan transkripsiyon ön başlatma kompleksinin montajındaki ilk adımı işaret eder.

Hogness ve meslektaşları tarafından yapılan keşif, TATA kutusunun genellikle birçok ökaryotik gende transkripsiyon başlangıç bölgesinin yaklaşık 25-30 baz çifti yukarısında yer aldığını göstermiştir. Çeşitli türler arasında korunması, gen düzenlemesindeki temel rolünün altını çizmektedir. TATA kutusu, RNA polimeraz II’yi transkripsiyonun başlangıç bölgesinde doğru bir şekilde konumlandırarak transkripsiyonun doğru ve verimli bir şekilde başlamasını sağlar. Bu süreç, özellikle transkripsiyon başlangıcının sıkı bir şekilde düzenlenmesini gerektiren genlerin uygun şekilde ifade edilmesi için kritik öneme sahiptir.

TATA kutusunun TFIID tarafından tanınması, DNA’nın mesajcı RNA’ya (mRNA) transkripsiyonu için gerekli olan ek transkripsiyon faktörlerinin ve RNA polimeraz II enziminin işe alınmasını kolaylaştırdığı için transkripsiyonel düzenlemede önemli bir adımdır. Transkripsiyonun başlatılmasının hassas kontrolü, çeşitli hücresel süreçleri ve çevresel uyaranlara verilen yanıtları etkileyen gen ifadesinin düzenlenmesi için hayati önem taşır.

İleri Okuma

Goldberg, M. L., & Hogness, D. S. (1978). “The TATA box: A Conserved DNA Sequence in the Promoter Region of Many Genes in Drosophila.” Proceedings of the National Academy of Sciences, 75(2), 344-348.
Breathnach, R., & Chambon, P. (1981). “Organization and expression of eukaryotic split genes coding for proteins.” Annual Review of Biochemistry, 50, 349-383.
Thomas, M. C., & Chiang, C. M. (2006). “The general transcription machinery and general cofactors.” Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, 41(3), 105-178.

8. Nisan 2015

alpha helix

-bir polypeptidin spiral sekunder yapınin hidrojen bağları ile durmasına denir.
-apolar zincirler dışarı doğru bakar.

8. Nisan 2015

palmitik asit

-doymuş organik bir asittir. yağ asiti olarak sayılır.
-formülü c16h32o2 dir.
-oxidasyon ile yıkılır.

8. Nisan 20153. Mayıs 2025

Sitokrom C

Sitokrom c, mitokondrinin iç zarında bulunan küçük, suda çözünebilen bir hemoprotein olup, sitokrom ailesinin bir üyesidir. Bu protein, hücresel solunumun temel aşamalarından biri olan oksidatif fosforilasyon sürecinde yer alır. Özellikle, elektron taşıma zincirinin (ETZ) üçüncü kompleksi olan sitokrom bc₁ kompleksi (Kompleks III) ile dördüncü kompleks olan sitokrom c oksidaz (Kompleks IV) arasında elektron taşıyıcısı olarak görev yapar.

This content is available to members only. Please login or register to view this area.

Sitokrom c, yapısında hem C grubu içerir; bu grup merkezi bir Fe²⁺/Fe³⁺ (demir) iyonu barındırır ve bu sayede elektron transferini mümkün kılar. Demir iyonu, indirgenmiş (Fe²⁺) ve yükseltgenmiş (Fe³⁺) durumlar arasında dönüşüm geçirerek tek bir elektronu taşıyabilir. Bu özellik, sitokrom c’yi oksidatif fosforilasyon zincirinde redoks aktif bir molekül hâline getirir.

Sitokrom c, ubihidrokinon (indirgenmiş koenzim Q) tarafından dolaylı yoldan etkilenir. Elektronlar, ubihidrokinondan Kompleks III’e taşındıktan sonra, burada sitokrom c’ye aktarılır. Dolayısıyla, ubihidrokinonun oksidasyonu sonucu ortaya çıkan elektronlar, sitokrom c’nin indirgenmesine yol açar. İndirgenmiş sitokrom c, bu elektronu Kompleks IV’e taşır; burada son elektron alıcısı olan moleküler oksijen (O₂) ile reaksiyona girerek su oluşumuna katkıda bulunur.

Sitokrom c’nin biyolojik işlevi yalnızca enerji metabolizmasıyla sınırlı değildir. Hücresel stres koşullarında mitokondri zarının geçirgenliği arttığında sitokrom c sitozole salınır ve apoptoz sinyal kaskadında görev alır. Bu bağlamda, enerji üretimi ile programlanmış hücre ölümü arasında kritik bir bağlantı sağlar.

İleri Okuma

Margoliash, E., & Schejter, A. (1966). Cytochrome c: A multigene family with multiple functions. Science, 154(3746), 1614–1617.
Moore, G. R., & Pettigrew, G. W. (1990). Cytochromes c: Evolutionary, structural and physicochemical aspects. Springer-Verlag, Berlin.
Pettigrew, G. W., & Moore, G. R. (1993). Cytochromes c: Biological aspects. Springer-Verlag, Berlin.
Ow, Y.-L. P., Green, D. R., Hao, Z., & Mak, T. W. (2008). Cytochrome c: Functions beyond respiration. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 9(7), 532–542.
Hüttemann, M., Pecina, P., Rainbolt, M., Sanderson, T. H., Kagan, V. E., Samavati, L., Doan, J. W., & Lee, I. (2011). The multiple functions of cytochrome c and their regulation in life and death decisions of the mammalian cell: From respiration to apoptosis. Mitochondrion, 11(3), 369–381.
Bushnell, G. W., Louie, G. V., & Brayer, G. D. (2012). High-resolution three-dimensional structure of horse heart cytochrome c. Journal of Molecular Biology, 214(2), 585–595.