Dünyadaki Yaşamın Son Evrensel Atası; Yarı Canlıydı

Dünyadaki Yaşamın Son Evrensel Atası; Yarı Canlıydı

Hücrelerimizdeki genlerin birçoğu milyarlarca yıl önce evrimleşti ve bunlardan birkaçına dair izler dünyadaki bütün yaşamın son ortak atasına kadar takip edilebiliyor.

355 adet gen tanımlaması yapan ve Nature‘da yayımlanan yeni bir araştırma sayesinde artık bu atamızın neye benzediğine ve nerede yaşadığına dair bugüne kadarki en net resmi elde ettik.

Elde edilen bulgular; yaşamın son evrensel ortak atasının (SEOA); hidrojen, karbondioksit ve mineralce zengin sıcak suyun deniz tabanından çıktığı hidrotermel yarıklarda gizli olduğu fikrine destek sunuyor.

Araştırmacılardan William Martin –University of Dusseldorf–; bu durumun hidrotermal yarık teorisine parmak bastığını söylüyor ve ihtiyacı olan kimyasalların çoğunu üretebilmesi için yarıklardaki abiyotik (biyolojik olmayan) tepkimelere bağımlı olma ihtimalinden kaynaklı SEOA’yı; yarı canlı olarak tanımlıyor.

SEOA yaklaşık 3.8 milyar yıl önce ortaya çıktı ve iki tür basit hücrenin oluşmasına sebep oldu:Bakteriler ve Arkeler. Geçmişte yapılan çalışmalar; bugün hayatta olan neredeyse bütün hücrelerde ortak olan genlere odaklanarak, SEOA’da neredeyse aynısı bulunan yaklaşık 100 gen belirlemişlerdi.

Bu da bize SEOA’nın modern hücrelerle benzer olduğunu gösteriyor. Fakat araştırmacılar asıl olarak SEOA’nın nasıl farklı olduğunu öğrenmek istiyorlar. Dolayısıyla, ekip en eski ve ortak olmayan geni bulmak için 1800 bakteri genomunu ve 130 arke genomunu analiz etti. Ve, örneğin birkaçının genetik kodu okumaktan sorumlu olan 355 genin evrensel genler olduğu bulgusuna ulaştı. Fakat diğerleri ise tamamen farklı bir yaşam biçimine işaret ediyor.

evrensel-son-ortak-ata-bilimfilicom

Neredeyse bütün canlı hücrelerin bir karakteristiği; hücrelerin elektrokimyasal gradyan oluşturmak için iyonları bir zardan geçirmesi ve sonrasında enerji bakımından zengin ATP molekülünü üretmek için bu düşümü kullanıyor olması. Martin’e göre; SEOA bu tarz bir gradyan oluşturamadı fakat var olan bir şeyi ATP yapımı için kullandı.

Bu durum; ilk yaşamın ihtiyacı olan enerjiyi yarık suyu ve deniz suyu arasındaki doğal gradyandan elde ettiği dolayısıyla da bu yarıklara bağlı olduğu fikriyle oldukça uyum gösteriyor. Ancak sonradan gradyan oluşturma yetisini elde etti ve bu durum da yarıklardan çıkan en az iki yaşama fırsat sundu: İlk olarak arkeler, diğeri ise bakteriler.

“Döner Kapı”

Görünüşe göre SEOA aynı zamanda da bu gradyandan hidrojen ve sodyum iyonlarını takas etmeye yarayan bir “döner kapı”proteini genine sahipti. Geçmiş çalışmalar; böyle bir proteinin yarıklardaki doğal gradyanın patlamasında tamamen etkili olduğunu ortaya koyuyor.

Martin’in bulamadığı bir şey ise; proteinlerin yapı taşı olan aminoasitlerin yapımından sorumlu genler. Buna dair de SEOA’nın yarıklarda kendiliğinden oluşmuş aminoasitlere bağlı olabileceğini ileri sürüyor.

University of Connecticut’dan yaşamın evrimi üzerine çalışmalar yürüten Peter Gogarten; Martin’in bu yaklaşımının ses getirdiğini, tanımlı genlerin büyük çoğunluğunun SEOA’da var olan genlere dair sağlam adaylar olduğunu söylüyor.

Ancak; hangi genlerin tamamen antik ve hangilerinin ise antik olabileceği ayrımını yapmak şuan oldukça güç, çünkü bakteri ve arkeler bunları değiş-tokuş ettiler. Araştırma ekibi bu değiş-tokuş edilen genleri ihmal ediyor ve belki de bu süreçte SEOA’nın amino asit sentezinden sorumlu genlerini de göz ardı ediyor olabilir.

İlk yaşamın nasıl ortaya çıktığına dair hala çok fazla iddia var, ancak hidrotermal yarık teorisi yeni delillerle destek bulan oldukça iddialı bir teori gibi gözüküyor, çünkü teori yaşamın kilit önemdeki birçok özelliğine dair detaylı bir senaryo açıklaması sağlıyor.


Kaynak ve İleri Okuma:

  •  Madeline C. Weiss, Filipa L. Sousa, Natalia Mrnjavac, Sinje Neukirchen, Mayo Roettger, Shijulal Nelson-Sathi & William F. Martin. The physiology and habitat of the last universal common ancestor. Nature Microbiology, DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.116
  • Le Page, M. “Universal ancestor of all life on Earth was only half alive.” NewScientist. https://www.newscientist.com/article/2098564-universal-ancestor-of-all-life-on-earth-was-only-half-alive (Accessed on 2016, July 26)
  • Bilimfili

 

Hasar Gören Sinir Hücreleri Taşınabilir Mitokondrilerle Onarılacak

Rockefeller Üniversitesi’nden bir grup araştırmacı, mitokondrilerin nöronal aksonlardaki taşınımı yükseltildiği takdirde, farelerin sinir hücelerinin yaralanma sonrası onarım becerilerinde artış olduğunu saptadı. Sonuçları Journal of Cell Biology dergisinde yayımlanan makale ile duyurulan çalışmanın, hastalık ya da yaralanma sonucu nöronları hasar gören insanlarda sinir hücrelerinin yeniden oluşumunu tetikleyecek stratejiler geliştirilmesine yardımcı olacağı ifade ediliyor.

Nöronların, vücutta uzun mesafelere yayılan aksonlarını genişletebilmeleri için büyük miktarda enerjiye gereksinimleri olur. Bu enerji mitokondriler tarafından ATP (adenozin trifosfat) biçiminde sağlanır. Mitokondriler, hücre içi enerji santralleridir. Gelişim sırasında mitokondriler aksonlarda ATP gereken yerlere taşınırlar. Ancak büyüme çağını geride bırakan yetişkinlerde, mitokondriler çok daha az hareketlidir, çünkü olgun nöronlar sintafilin (İng.syntaphilin) adı verilen bir protein üretirler. Sintafilin mitokondrileri bulundukları yere sabitler. Araştırmacı Zu-Hang Sheng ve çalışma arkadaşları, mitokondri taşınımındaki bu azalışın, yetişkinlerde yaralanma sonrası nöronların yenilenememesini açıklayıp açıklayamayacağını anlamaya karar verdi.

Sheng ve ekip arkadaşı Bing Zhou, olgun fare aksonları zarar gördüğünde yakında bulunan mitokondrilerin de hasarlandığını ve sinir yenilenmesi için gereken ATP desteğini veremediklerini saptadı. Bilimciler sintafilini sinir hücrelerinden genetik olarak kaldırdıklarında ise mitokondriyel taşınım arttı. Böylece hasar gören mitokondrilerin yerine ATP üretebilen sağlam mitokondriler gidebildi. Sintafilini olmayan olgun nöronların bu şekilde yaralanma sonrası yenilenebildikleri görüldü.

“Hücre içinde ve deney tüpünde gerçekleştirdiğimiz çalışmalar, mitokondriyel taşınımı arttırmak yoluyla enerji eksikliğinin giderilerek, nöronların yenilenmesinin sağlanabileceğini gösterdi. Bu yaklaşımdan yararlanarak merkezi ve çevresel sinir sistemi hasarlarının iyileştirilmesini sağlayacak stratejiler geliştirilebilir,” diyor Sheng.

Aşağıdaki videoda aksonlar hasar gördükten sonra, yakında bulunan mitokondrilerin ATP üretemez duruma geldikleri görülüyor. Bu mitokondrilerin rengi sarıdan (sağlıklı) yeşile (hasarlı) dönüyor (Telif: Zhou et al., 2016).


Kaynaklar:

  • Bilimfili,
  • Eurekalert, “Mobilizing mitochondria may be key to regenerating damaged neurons”
    < http://www.eurekalert.org/pub_releases/2016-06/rup-mmm060716.php >
  • Science Alert, “Scientists are using mobile mitochondria to repair damaged nerve cells”
    < http://www.sciencealert.com/damaged-neurons-could-be-fixed-with-mobile-mitochondria-scientists-say >

İlgili Makale: Bing Zhou, Panpan Yu, Mei-Yao Lin, Tao Sun, Yanmin Chen, and Zu-Hang Sheng Facilitation of axon regeneration by enhancing mitochondrial transport and rescuing energy deficits The Journal of Cell Biology Published June 7, 2016 The Rockefeller University Press, doi: 10.1083/jcb.201605101

İlk Yaşayan Süperbilgisayar Geliştirildi

Alışıldık süperbilgisayarlar gerçekten hayranlık uyandırıyor. Akıllara durgunluk verecek denli karmaşık hesaplamaları nispeten kısa sürede gerçekleştirebiliyorlar; fakat çok pahalılar, çok fazla güç tüketiyorlar, çalışırken aşırı derecede ısınıyorlar ve çoğu zaman evinizden daha büyük boyutlarda oluyorlar. Bu dezavantajlardan varolan teknolojik yaklaşımla kurtulmak da mümkün değil.

Acaba günümüzün elektriksel devrelere dayalı teknolojisinden tümüyle farklı bir hesaplama yaklaşımı olabilir mi? İşte yeni biyolojik süperbilgisayar modelinin ardında yatan düşünce buydu. Uluslararası bir bilim ekibi tarafından gerçeğe dönüştürülen bu fikir, dünyanın ilk nefes alan süperbilgisayarının doğmasını sağladı. Biyolojik süperbilgisayar bizimle aynı enerji kaynaklarını kullanıyor. Yaşayan bir mikroçipin etrafında enformasyon iletimi yapmak için elektronların yerine proteinleri kullanıyor.

Araştırmacıların tasarladığı çip minicik; sadece 1,5 santimetre karelik bir yüzölçümüne sahip. Ama yakından baktığınızda, üzerinde kalabalık bir şehri andıran yollar olduğunu görebilirsiniz. Protein zincirleri bu küçük metropolün caddeleri boyunca; yani devreye eklemlenmiş çok çok ince kanallarda ilerliyorlar. “Çok küçük bir alanda, çok karmaşık bir ağ yaratmayı başardık,” şeklinde açıklıyor Kanada McGill Üniversitesi’nden biyomühendis Dan Nicolau Sr.

Video Player

Normal bir mikroçipte elektronların yaptığı işi, biyolojik bilgisayarda protein zincirleri yerine getiriyor. Tüm canlı organizmalarda hücre düzeyinde enerji aktarımından sorumlu olan ATP (adenozin trifosfat) kimyasalı, biyolojik süperbilgisayarın proteinlerine de güç sağlıyor.

Yaşayan bilgisayar devrinin başlamasına henüz çok var. Ama araştırmacıların dediğine göre boyutlarının küçüklüğü, son derece verimli olmaları ve çalışırken çok az ısı yaymaları dolayısıyla, günün birinde paralel hesaplama yapabilen (aynı anda sayısız hesaplamayı gerçekleştirebilen) yeni nesil süperbilgisayarların üretilmesini sağlayabilirler.

Proceedings of the National Academy of Sciences  dergisinde yayımlanan makalelerinde, araştırmacılarbiyobilgisayarı bir matematiksel problemle sınadıklarını belirtiyor. Çipin içinde bulunan biyolojik ajanların, devre içinden yönetilen hareketleri sayesinde hesaplamayı gerçekleştirdiğini ifade ediyorlar. Bu da modelin çalıştığını ve yaşayan bilgisayarların ileride süperbilgisayarların önemli bir parçası olacağını ortaya koyuyor. Hatta belki bildik silikon makinelerle bile kaynaştırılabilirler.

Dan Nicolau Sr. şöyle değerlendiriyor: “Problemlerden birini bu model ile başarılı bir şekilde çözebildiğimizi gördük. Bunu pek çok başkaları izleyecektir. Örneğin, farklı biyolojik ajanlar deneyeceğiz. Tam anlamıyla çalışabilir durumda bir biyosüperbilgisayarı ne zaman görebileceğimizi söylemek ise güç. Belki elimizdeki cihazı normal bir bilgisayar ile birleştirip, hibrit bir makine ile karmaşık problemleri çözmeyi deneyerek ilerleyebiliriz. Araştırmamızı ilerletmek için pek çok farklı yöntem denemekteyiz.”

Video Player


Kaynaklar:

  • Bilimfili,
  • McGill Üniversitesi, “Building living, breathing supercomputers“, <http://www.mcgill.ca/newsroom/channels/news/building-living-breathing-supercomputers-259294>
  • Science Alert, “Scientists have developed the world’s first living, breathing supercomputer“, <http://www.sciencealert.com/scientists-have-developed-the-world-s-first-living-breathing-supercomputer>

İlgili Makale: Dan V. Nicolau, Jr. Mercy Lardc, Till Kortend, Falco C. M. J. M. van Delft, Malin Perssong, Elina Bengtssong, Alf Månssong, Stefan Diez, Heiner Linke, and Dan V. Nicolau Parallel computation with molecular-motor-propelled agents in nanofabricated networks  proceedings of the national academy of sciences January 18, 2016 Dan V. Nicolau Jr., doi: 10.1073/pnas.1510825113

Egzersiz Beyin Hücrelerini Nasıl Canlandırır?

Yaşlandıkça veya Alzheimer benzeri nörodejeneratif hastalıklar geliştirdikçe, beyin hücrelerimiz tamamen fonksiyonel olmalarını sağlayacak yeterli enerji üretememeye başlarlar.

Yeni bir çalışma ile, araştırmacılar tarafından SIRT3* adı verilen ve mitokondride bulunan enzimin, enerji kaybına yol açan (bahsi geçen ve) benzer gerilimlere karşı fare beynini koruyabilecek etkiler üretebileceği keşfedildi. Dahası tekerleklerde koşturulan farelerin bu koruyucu enzimi daha fazla üreterek, yüksek seviyelerde bulundurdukları gösterildi.

National Institute on Aging Intramural Research Program ve Johns Hopkins University School of Medicine’da yürütülen ve Ph.D Mark Mattson’un öncülük ettiği araştırmada yeni bir hayvan modeli kullanılarak nöronların enerji-azaltıcı streslere (nörozehirler ve diğer faktörler ile oluşturulan) gösterdikleri direnç incelendi. Bulguların kısa bir listesi şu yönde :

* SIRT3 üretmeyen fare denekler, nörodejenerasyon (sinir hücrelerinin ölmesi veya yıkılması) ve epileptik nöbetlere yol açan nörotoksinlere maruz kaldıklarında, strese çok daha duyarlı hale geldiler.

* Tekerlekte koşma egzersizi, sinir hücrelerindeki SIRT3 seviyesini artırdı ve dejenerasyona karşı koruma sağladı. Enzimin düşük seviyelerde olması koruma durumunun oluşmasına engel oldu.

* Nöronlar; strese karşı, SIRT3 seviyesini artırmayı sağlayacak gen terapisi teknolojileri ile korunabilir.

Geçtiğimiz günlerde (19 Kasım’da) Cell Metabolism‘de yayımlanan bu araştırmanın bulguları gösteriyor ki; SIRT3 enziminin seviyesini artırarak hücrenin yakıt deposu gibi işleyen mitokondrinin fonksiyonlarını ve strese karşı direnci desteklemek,  yaşlanmaya bağlı bilişsel düşüşleri ve beyin hastalıklarına karşı çok ciddi bir tedavi potansiyeli taşıyor.

SIRT3(sirtuin 3) –  SIR2L3 olarak da bilinir ve 11. kromozomda yer alan aynı adlı geni ve ürünü olan proteini belirtir.

 


Kaynak : Bilimfili, Aiwu Cheng, Ying Yang, Ye Zhou, Chinmoyee Maharana, Daoyuan Lu, Wei Peng, Yong Liu, Ruiqian Wan, Krisztina Marosi, Magdalena Misiak, Vilhelm A. Bohr, Mark P. Mattson. Mitochondrial SIRT3 Mediates Adaptive Responses of Neurons to Exercise and Metabolic and Excitatory Challenges. Cell Metabolism, 2015; DOI:10.1016/j.cmet.2015.10.013

Dünya’nın İlk ATP ile Çalışan Çipi Yapıldı

Kolombiya Üniversitesi’nden bilim insanlarının çalışması sayesinde biyoloji ile mekaniğin birleşmesine bir adım daha yaklaşıldı. Yeni geliştirilen katı hal CMOS entegre düzenek, biyolojik –kimyasal bir proses sayesinde ATP’den enerjisini kazanıyor.

Prof. Ken Shepard liderliğinde yürütülen çalışmalar sayesinde dünyanın ilk kez izole edilen bir biyolojik proses kullanılarak entegre düzeneğe güç sağlandı. Devre cep telefonlar ve bilgisayarlarda kullanılan CMOS çiplerinin bir benzeri.

Araştırmacılar doğal iyon pompaları içeren yapay lipid ikili tabakası yaratarak, normal hücreler gibi ATP kullanan bir sistem geliştirdi. ATP kimyasal enerjiyi yaşayan hücreler arasında taşıyan bir koenzim. Fotosentez ve hücre solunumu sonucunda ortaya çıkan bu son ürün, hücre bölünmesi ve kas kasılması gibi canlı mekanik sistemlere güç veriyor.

Bilim adamları lipid membranını, normalde fotoğraf makinelerinden bildiğimiz CMOS (tümler metal oksit yarıiletken) entegre devreye bağlayarak iyon pompasıyla besledi .

“ İyon pompası temelde transistörler gibi çalışır. Bizim kullandığımız pompa , nöronlarda potansiyel birikimi için kullanılıyor. Bu pompa yapay lipid membranları arasında gerçekten potansiyel üretiyor. IC ile birlikte paketlediğimiz sistemde, pompalanan iyonlar membrandan geçerek devreye enerji sağlıyor,” diyor Prof. Ken Shepard.

Yapay olarak geliştirilen bu sistemde farklı bir yaklaşım izlendiğinden, geçmişte denenen sistemlerden daha başarılı. Çünkü bu sistem tümüyle canlı sistemler çiplerle birleştirildi.

“Artık hücrenin tümüne ihtiyacımız yok. Sadece hücrenin işimize yarayan kısmını alıyoruz. Bu proje için ATPazları(ATP kinaz) izole ettik, çünkü bu proteinler sayesinde ATP’den enerji elde edebiliyoruz,” diyor Prof. Shepard .

Bu teknolojinin kullanım alanının geniş olması gerçekten araştırmacıları heyecanlandırıyor.

Burada asıl zorluk sistemi küçültmek ve biyolojik bozunmayı yönetmek için yöntem bulmak. Zorluklar bir yana bırakılırsa, biyolojik ve elektronik prosesleri birleştirmek insanın hayal gücünü ateşliyor.

Kaynak :

  1. GerçekBilim
  2. Jared M. Roseman, Jianxun Lin, Siddharth Ramakrishnan, Jacob K. Rosenstein & Kenneth L. Shepard Hybrid integrated biological–solid-state system powered with adenosine triphosphate Nature Communications6,Article number:10070doi:10.1038/ncomms10070 Published 
  3. Engineering