Elma

Oğuzcada alma sözcüğünden evrilmiştir.

Yaygın olarak evcil elma olarak bilinen Malus Domestica, tatlı, yenilebilir meyvesi için dünya çapında yetiştirilen, gül familyasından (Rosaceae) yaprak döken bir ağaçtır. “Malus” terimi Latince elma kelimesinden türemiştir ve “domestica” onun evcilleştirilmiş doğasını ifade eder. Yerli elma en yaygın olarak yetiştirilen ağaç meyvelerinden biridir ve ılıman tarımda son derece önemlidir.

Cins adı “Malus”, Latince elma teriminden gelir ve tür sıfatı “domestica”, onu yabani akrabalarından ayıran, onun ekili durumunu belirtir. Yerli elma, armut, ayva, kiraz gibi diğer önemli meyveleri de içeren Rosaceae familyasının Malus cinsine aittir.

Tarihsel arka plan

Malus Domestica’nın evcilleştirilmesinin birkaç bin yıl önce Orta Asya’da, özellikle günümüz Kazakistan’ında gerçekleştiğine inanılıyor. Türlerin kökeni yabani elma Malus sieversii’den geliyor ve kanıtlar onun İpek Yolu ticaret yolları boyunca yayıldığını, Avrupa ve Asya’daki diğer yabani elma türleriyle karıştığını gösteriyor. Bu genetik karışım, günümüzde görülen elma çeşitlerinin çeşitliliğine katkıda bulunmuştur.

Yetiştirme ve Çeşitler

Malus Domestica, bilinen 7.500’den fazla çeşit ile çok çeşitli meyve türleri üretmek üzere seçici olarak yetiştirilmiştir. Bu çeşitler, çeşitli iklimlere ve tüketici tercihlerine göre boyut, renk, tat ve doku bakımından farklılık gösterir. Elma yetiştiriciliği, özellikle ılıman bölgelerde özel iklim koşulları gerektirir ve haşere kontrolü, budama ve hasat için karmaşık bahçecilik uygulamalarını içerir.

Genetik ve Biyolojik Yönler

Elmalar diploid veya poliploiddir ve üremeleri hem cinsel hem de eşeysiz üremeyi içerir. Aşılama yoluyla eşeysiz üreme, bir çeşidin arzu edilen özelliklerinin korunmasını sağlar. Elma genomu ilk kez 2010 yılında tam olarak dizilendi; bu, elmanın özelliklerinin genetik temeline ışık tuttu ve hastalıklara dirençli ve iklime uyum sağlayan çeşitlerin yetiştirilmesine yardımcı oldu.

Kültürel önem

Elmalar dünya çapında birçok gelenekte önemli kültürel sembolizm barındırır; çeşitli mitler ve hikayelerde bilgiyi, güzelliği, günaha ve ölümsüzlüğü temsil eder. Elma, çoğu zaman (yanlış bir şekilde) Cennet Bahçesi’nin yasak meyvesi olarak tanımlanan Hıristiyan mitolojisindeki Adem ile Havva’nın hikayesi de dahil olmak üzere birçok dini gelenek ve folklorda merkezi bir meyvedir.

Malus Domestica’daki Aktif Maddeler

Meyve (Posa ve Kabuk):

  • Fitokimyasallar: Elma, C vitamini ve çeşitli B vitaminleri gibi vitaminler açısından zengindir. Ayrıca kersetin, kateşin, floridzin, klorojenik asit ve antosiyaninler (kırmızı elmalarda) dahil olmak üzere bir dizi fitokimyasal içerirler. Bu bileşikler antioksidan özellikleriyle bilinir.
  • Diyet Lifi: Elmalarda hem çözünür hem de çözünmeyen lifler bol miktarda bulunur, özellikle de sindirim sağlığı için faydalı olan ve kandaki kolesterol seviyelerini düşürmeyle bağlantılı olan çözünür fraksiyondaki pektin.

Tohumlar:

  • Amygdalin: Elma tohumları, metabolize edildiğinde hidrojen siyanüre ayrışabilen amigdalin içerir. Küçük miktarlardaki siyanür genellikle zararlı olmasa da, büyük miktarlarda elma çekirdeğinin yutulması potansiyel olarak toksik olabilir.

Yapraklar:

Phloridzin ve Diğer Fenolik Bileşikler: Elma yaprakları, meyveden daha az kullanılmasına rağmen, antioksidan özelliklere sahip olabilen bir tür fenolik bileşik olan phloridzin içerir.

Dozaj ve Kullanım

  • Meyve Tüketimi: Düzenli beslenmenin bir parçası olarak elma yemek çoğu insan için genellikle güvenli kabul edilir. Dengeli beslenmenin bir parçası olarak elma da dahil olmak üzere meyveler için tipik tüketim önerisi, birçok ülkedeki beslenme kılavuzlarında önerildiği gibi yetişkinler için günde yaklaşık 2 fincan meyvedir.

Ekstraktlar ve Takviyeler:

  • Elma Sirkesi: Fermente elma suyundan yapılan bu sirke, kilo yönetimi, sindirim desteği ve antimikrobiyal gibi sağlık yararları olduğu iddiası nedeniyle sıklıkla kullanılır. Yaygın bir doz günde 1-2 yemek kaşığı su ile seyreltilmiş olabilir.
  • Elma Polifenol Ekstraktları: Bunlar bazen fitokimyasalların belirli yüzdelerine göre standartlaştırılmış takviye formunda mevcuttur. Dozajlar konsantrasyona bağlı olarak büyük ölçüde değişebilir; bu nedenle üreticinin talimatlarına veya sağlık tavsiyelerine uymak çok önemlidir.

Yaprak ve Tohumların Tıbbi Kullanımları:

  • Tohumlar: Amigdalin varlığı nedeniyle elma çekirdeğinin büyük miktarlarda tüketiminde dikkatli olunması tavsiye edilir.
  • Yapraklar: Elma yapraklarının tıbbi kullanımını destekleyen daha az bilgi ve daha az çalışma vardır ve yaygın olarak tüketilmezler.

İleri Okuma

  1. Harris, S.A., Robinson, J.P., & Juniper, B.E. (2002). “Genetic clues to the origin of the apple.” Trends in Genetics, 18(8), 426-430.
  2. Velasco, R., Zharkikh, A., Affourtit, J., et al. (2010). “The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.).” Nature Genetics, 42, 833-839.
  3. Cornille, A., Giraud, T., Smulders, M.J.M., Roldán-Ruiz, I., & Gladieux, P. (2014). “The domestication and evolutionary ecology of apples.” Trends in Genetics, 30(2), 57-65.
  4. Boyer, J., & Liu, R.H. (2004). “Apple phytochemicals and their health benefits.” Nutrition Journal, 3, 5.
  5. Hyson, D.A. (2011). “A Comprehensive Review of Apples and Apple Components and Their Relationship to Human Health.” Advances in Nutrition, 2(5), 408-420.
  6. USDA Dietary Guidelines. Accessed 2023.

Afrika’dan Çıktığımızdan Beri Zararlı Mutasyon Biriktiriyoruz

Modern insanların (Homo sapiens) ilk olarak Afrika’da 150.000 yıl önce ortaya çıktığı düşünülmektedir. 100.000 yıl sonra da bir kısmının asıl doğdukları toprakları bırakarak önce Asya’ya sonra da daha doğuya ve Bering Boğazı’nı geçerek Amerika’da kolonileşmek üzere yolculuğa başladıkları biliniyor. Excoffier ve araştırma arkadaşları yeni bir teorik model geliştirerek, insanların küçük gruplar halinde göç etmeleri halinde orijinal Afrika’lı ailelerinden iyice uzaklaşarak, genetik olarak koparak bir ‘mutasyon yığını’ olmak üzere zararlı mutasyonları biriktireceklerini öne sürdü. Dahası, bir popülasyonun sahip olduğu bu mutasyon birikiminin, Afrika’dan çıktıklarından bugüne kadar alınan yolu hatta izlenen güzergahı gösterebileceği öne sürüldü.Kısacası; bugün Meksika’lı bir bireyin Afrika orijinli bir bireyden daha fazla zararlı genetik değişken bulunduruyor olmalı.

Hipotezlerini test etmek için araştırmacılar, Afrika dışındaki ve içindeki yedi ayrı popülasyondan (Demokratik Kongo Cumhuriyeti, Namibya, Kamboçya, Cezayir, Pakistan, Sibirya, Meksika) elde edilen genomlardaki anlamlı dizilerin tümünün baz dizilimini çıkarmak (sekanslamak) üzere yeni jenerasyon sekanslama (NGS) teknolojisinden yararlandı. Daha sonra teorilerine uyumlu biçimde zararlı mutasyonların uzamsal yerleşkelerini (söz konusu mutasyonların DNA içerisindeki konumları) simüle etti. Bulgular ise teoriyi doğrular nitelikteydi; kişiye düşen az zararlı mutasyonların sayısı gerçekten de bireyin Güney Afrika’dan uzaklığı ile doğru orantılı olarak artıyor.

Afrika’dan daha uzakta olan popülasyonlardaki zararlı mutasyon yükünün veya sayısının daha çok olmasının temel sebebi ise doğal seçilimin küçük popülasyonlar için çok güçlü etkilerinin olmamasında yatıyor: küçük öncü kabilelerde, büyük popülasyonlara oranla zarar verici mutasyonlar daha düşük verimliliklerle arındırılmış oluyor. Buna ek olarak, Afrika’dan çıkarak çok uzak noktalarda yerleşip kalacak olan topluluklarda asıl zaman yolculukla geçtiği için, doğal seçilimin işini yapması için yeterli vakti olmuyor.

Araştırmanın yazarlarından Stephan Peischl’in konu ile ilgili açıklaması şöyle : ” Düşük derecede zararlı olan mutasyonların, yaklaşık 1000 jenerasyondan daha fazla sürmüş olan Afrika’dan dışarı yayılma sırasında nötr fenomenler olarak evrimleştiğini keşfettik. Buna karşın, çok zararlı mutasyonlar, sanki bir bireyin dayanabileceği bir eşik seviyesi varmış gibi (ya da bu duruma işaret edecek biçimde), Dünya’daki her bireyde benzer oranlarda veya frekanslarda bulunuyor.”

Laurent Excoffier ise : ” 50 bin yıl önce başlayan göçlerin insan genetik çeşitliliği üzerinde bugünde takip edilebilecek işaretler bırakmış olması mükemmel bir şey, ancak bunu gözlemlemek için tüm kıtalardan farklı popülasyonlara ait devasa bir genetik dizi verisine sahip olmak gerekiyor. Yalnızca 5 sene önce bile, bu mümkün değildi.” şeklinde bir açıklamada bulundu.

Araştırma Proceedings of the National Academy of Sciences dergisinde yayımlandı.


Kaynak :

  • Bilimfili,
  • Brenna M. Henn, Laura R. Botigué, Stephan Peischl, Isabelle Dupanloup, Mikhail Lipatov, Brian K. Maples, Alicia R. Martin, Shaila Musharoff, Howard Cann, Michael P. Snyder, Laurent Excoffier, Jeffrey M. Kidd, Carlos D. Bustamante. Distance from sub-Saharan Africa predicts mutational load in diverse human genomes.Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015; 201510805 DOI:10.1073/pnas.1510805112

Genetik olarak memeliler babaya çekiyor

Annenizi çok andırıyor hatta aynı onun gibi davranıyor olabilirsiniz; ancak yapılan yeni bir çalışma memelilerin genetik olarak babalarına daha çok benzediği sonucunu ortaya çıkardı. Spesifik olmak gerekirse, araştırma her ne kadar ebeveynlerimizden aldığımız genetik mutasyon miktarı eşit olsa da bizi biz yapan mutasyonların çoğunu babalarımızdan aldığımızı gösteriyor.
Nature Genetics‘te yayınlanan makalede, kalıtımla kazanılan özelliklerin anneden ya da babadan alınmasına bağlı olarak  memelilerde birçok farklı sonuca ulaşabildiği gösteriliyor.  Bu buluş, insan genetiğinin keşfi için yeni bir kapı açması bakımından istisnai yeni bir araştırma. Ebeveyn kaynaklı kalıtımın gözlemlendiği 95 gen biliniyor ve  “izi kalmış, damga basılmış” anlamlarına gelen “imprinted gen”ler olarak adlandırılıyor. Bu genler mutasyonun annesel ya da babasal olarak kalıtılmasına bağlı olarak çeşitli hastalıkların ortaya çıkışında rol oynayabiliyor. Bugün, yapılan bu yeni çalışma ile “imprinted” genlerden farklı binlerce ayrı genin ebeveyn-kaynaklı olma etkisine sahip olduğu anlaşılmış durumda.

Bu araştırma için anahtar niteliğindeki şey ise dünyadaki en geniş genetik çeşitlilik yelpazesine sahip fare popülasyonunun bulunduğu Collaborative Cross oldu.  Geleneksel laboratuvar fareleri genetik çeşitlilik bakımından son derece kısıtlı olduğundan insan genetiği hastalığı çalışmalarında da aynı şekilde kısıtlı bir kullanıma sahiplerdi.

Gen ekspresyonu DNA’yı, hücrede birçok farklı fonksiyona sahip proteinlere dönüştüren bir mekanizma olduğundan, insan sağlığı için büyük öneme sahip. Gen ekspresyonunu değiştiren mutasyonlar bu nedenle “düzenleyici” mutasyonlar olarak adlandırılmakta. Bu tarz genetik çeşitlilikler diyabet, kardiyovasküler hastalıklar,nörolojik rahatsızlıklar gibi yalnızca bir genin ekspresyonundaki değişiklikten değil yüzlerce, hatta binlerce gendeki ekspresyon farklılığından kaynaklanan hastalıkların temelini oluşturmakta.

Bu çalışma için ekip, farklı kıtalar üzerinde evrilmiş alt türlerden gelen, genetik olarak farklı fare türleri seçti ve her bir türün aynı anda anne ve baba olarak kullanıldığı çiftleştirmeler ile dokuz farklı çeşit hibrid jenerasyon elde etti. Bu fareler yetişkinliğe eriştiğinde 4 farklı dokunun beyindeki RNA dizilemesi dahil gen ekspresyonunu ölçtüler. Sonrasında ise, her bir gen için, ekspresyonun ne kadarının annenin genomundan ne kadarının babanınkinden geldiğini sayılara döktü.

Sonuçlar, genlerimizin yaklaşık % 80 gibi büyük bir oranda çoğunluğunun gen ekspresyonunda farklılıklar yaratan değişkenlere sahip olduğunu göstermekte. İşte tam bu noktada, yüzlerce gende genom düzeyinde babadan kalıtıma yatkınlık şeklinde bir dengesizlik gözlendi. Bu dengesizlik beynindeki gen ekspresyonu ciddi şekilde babasınınkine benzeyen yeni nesiller olarak karşımıza çıkmakta.

Buradaki gen tanılama (ekspresyon) seviyesi anne ya da babaya bağlı bir değişken. Bugün memelilerin babadan kalıtımsal olarak çok fazla genetik çeşitlilik geliştirdi biliniyor. Düşünün ki, bir mutasyon kötü bir etkiye sahip. Eğer anneden geliyorsa babadan geldiğindeki kadar çok gen ekspresyonu gerçekleşmeyecek. Elbette iki türlü de hastalık yapıcı bir etkisi olacağı kesin olurdu.

Bu tip genetik mutasyonlar , çalışıldıkça önümüzdeki gen yüzyılında son derece yol gösterici, hastalık modellemede ve tedaviler üretmekte kalıcı etkiler bıırakarak etkili olacaktır.


Görsel :  © millaf / Fotolia
Referans  :    James J Crowley, Vasyl Zhabotynsky, Wei Sun, Shunping Huang, Isa Kemal Pakatci, Yunjung Kim, Jeremy R Wang, Andrew P Morgan, John D Calaway, David L Aylor, Zaining Yun, Timothy A Bell, Ryan J Buus, Mark E Calaway, John P Didion, Terry J Gooch, Stephanie D Hansen, Nashiya N Robinson, Ginger D Shaw, Jason S Spence, Corey R Quackenbush, Cordelia J Barrick, Randal J Nonneman, Kyungsu Kim, James Xenakis, Yuying Xie, William Valdar, Alan B Lenarcic, Wei Wang, Catherine E Welsh, Chen-Ping Fu, Zhaojun Zhang, James Holt, Zhishan Guo, David W Threadgill, Lisa M Tarantino, Darla R Miller, Fei Zou, Leonard McMillan, Patrick F Sullivan, Fernando Pardo-Manuel de Villena. Analyses of allele-specific gene expression in highly divergent mouse crosses identifies pervasive allelic imbalance. Nature Genetics, 2015; DOI: 10.1038/ng.3222

Kaynak :  Bilimfili, ScienceDaily 

Afrika’dan Çıktığımızdan Beri Zararlı Mutasyon Biriktiriyoruz

Modern insanların (Homo sapiens) ilk olarak Afrika’da 150.000 yıl önce ortaya çıktığı düşünülmektedir. 100.000 yıl sonra da bir kısmının asıl doğdukları toprakları bırakarak önce Asya’ya sonra da daha doğuya ve Bering Boğazı’nı geçerek Amerika’da kolonileşmek üzere yolculuğa başladıkları biliniyor. Excoffier ve araştırma arkadaşları yeni bir teorik model geliştirerek, insanların küçük gruplar halinde göç etmeleri halinde orijinal Afrika’lı ailelerinden iyice uzaklaşarak, genetik olarak koparak bir ‘mutasyon yığını’ olmak üzere zararlı mutasyonları biriktireceklerini öne sürdü. Dahası, bir popülasyonun sahip olduğu bu mutasyon birikiminin, Afrika’dan çıktıklarından bugüne kadar alınan yolu hatta izlenen güzergahı gösterebileceği öne sürüldü.Kısacası; bugün Meksika’lı bir bireyin Afrika orijinli bir bireyden daha fazla zararlı genetik değişken bulunduruyor olmalı.

Hipotezlerini test etmek için araştırmacılar, Afrika dışındaki ve içindeki yedi ayrı popülasyondan (Demokratik Kongo Cumhuriyeti, Namibya, Kamboçya, Cezayir, Pakistan, Sibirya, Meksika) elde edilen genomlardaki anlamlı dizilerin tümünün baz dizilimini çıkarmak (sekanslamak) üzere yeni jenerasyon sekanslama (NGS) teknolojisinden yararlandı. Daha sonra teorilerine uyumlu biçimde zararlı mutasyonların uzamsal yerleşkelerini (söz konusu mutasyonların DNA içerisindeki konumları) simüle etti. Bulgular ise teoriyi doğrular nitelikteydi; kişiye düşen az zararlı mutasyonların sayısı gerçekten de bireyin Güney Afrika’dan uzaklığı ile doğru orantılı olarak artıyor.

Afrika’dan daha uzakta olan popülasyonlardaki zararlı mutasyon yükünün veya sayısının daha çok olmasının temel sebebi ise doğal seçilimin küçük popülasyonlar için çok güçlü etkilerinin olmamasında yatıyor: küçük öncü kabilelerde, büyük popülasyonlara oranla zarar verici mutasyonlar daha düşük verimliliklerle arındırılmış oluyor. Buna ek olarak, Afrika’dan çıkarak çok uzak noktalarda yerleşip kalacak olan topluluklarda asıl zaman yolculukla geçtiği için, doğal seçilimin işini yapması için yeterli vakti olmuyor.

Araştırmanın yazarlarından Stephan Peischl’in konu ile ilgili açıklaması şöyle : ” Düşük derecede zararlı olan mutasyonların, yaklaşık 1000 jenerasyondan daha fazla sürmüş olan Afrika’dan dışarı yayılma sırasında nötr fenomenler olarak evrimleştiğini keşfettik. Buna karşın, çok zararlı mutasyonlar, sanki bir bireyin dayanabileceği bir eşik seviyesi varmış gibi (ya da bu duruma işaret edecek biçimde), Dünya’daki her bireyde benzer oranlarda veya frekanslarda bulunuyor.”

Laurent Excoffier ise : ” 50 bin yıl önce başlayan göçlerin insan genetik çeşitliliği üzerinde bugünde takip edilebilecek işaretler bırakmış olması mükemmel bir şey, ancak bunu gözlemlemek için tüm kıtalardan farklı popülasyonlara ait devasa bir genetik dizi verisine sahip olmak gerekiyor. Yalnızca 5 sene önce bile, bu mümkün değildi.” şeklinde bir açıklamada bulundu.

Araştırma Proceedings of the National Academy of Sciences dergisinde yayımlandı.


Kaynak : Bilimfili, Brenna M. Henn, Laura R. Botigué, Stephan Peischl, Isabelle Dupanloup, Mikhail Lipatov, Brian K. Maples, Alicia R. Martin, Shaila Musharoff, Howard Cann, Michael P. Snyder, Laurent Excoffier, Jeffrey M. Kidd, Carlos D. Bustamante. Distance from sub-Saharan Africa predicts mutational load in diverse human genomes.Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015; 201510805 DOI:10.1073/pnas.1510805112

Alzheimer’ın kökeni insan zekasına bağlandı

Geçtiğimiz ay içinde BioRxiv1′de yayımlanan bir araştırmada bilim insanları, Alzheimer hastalığının insan zekasıyla paralel bir evrim geçirdiği ve geliştiği savını ortaya attı.

Araştırmada, 50.000’den 200.000 yıla kadar geçmiş dönemde beyin gelişimi ile ilgili altı gende doğal seçilime bağlı olarak değişim gerçekleştiği bulundu. Bu değişimler ile nöron bağlantıları artmış, böylelikle modern insanlarınhominin atalarından daha zeki olması durumu gelişmiş olabilir. Ancak bu gelişmiş zeka kapasitesinin bir bedeli vardı; aynı genlerin değişimi Alzheimer hastalığının da temel sebebini oluşturdu.

Şangay Biyoloji Bilimleri Enstütüsü’nde popülasyon genetikçisi olan Kun Tang, yaşlanan insan beyninde artan zekanın metabolik ihtiyaçlarının karşılanamamasına bağlı olarak hafıza problemlerinin ve bozukluklarının ortaya çıktığını düşünüyor. Alzheimer hastalığına sahip olan tek tür insandır ve en yakın olan akrabalarımız şempanzeler de dahi bu hastalık görülmüyor.

Araştırma ekibi, bu arkaik evrimin kanıtlarını bulmak üzere modern insan DNA’sını analiz etti. 90 farklı insan DNA’sını inceleyen bilim ekibi, popülasyon büyüklüğü ve doğal seçilimdeki değişimler ile oluşan çeşitlilik ve bu çeşitliliğin yayılmasını takip etti.

Seçilim ile işaretlendi 

Analiz bir bakıma yanıltıcıydı, çünkü iki kuvvet de birbirine benzer etkiler yaratabiliyor. Popülasyon değişimlerinin etkilerini kontrol etmek ve böylelikle doğal seçilimin birebir etkilerini gözlemlemek için, ekip popülasyon değişimini sayısal olarak hesapladı. Daha sonra popülasyon geçmişi ile uyuşmayan DNA segmentleri ve bunların içinden doğal seçilim ile şekillenmiş olanları tespit edildi.

Bilimciler bu yolla 500.000 yıl içinde gerçekleşmiş seçilim olaylarını gözlemlemiş, modern insanın yükselişini belirleyen 200.000 yıllık kuvvetleri belirlemiş oldu. Daha önceki ilkel metotlar bu değişimleri yalnızca 30.000 yıla kadar gözlemleyebiliyordu.

Deneysel olarak yöntemin geçerliliği ispatlanana kadar ek çalışmalara ve tekrara ihtiyaç duyulsa da, en güçlü genomik-analiz yöntemleri dahi tarihsel bozunmalardan dolayı bile kısıtlı bir başarıya sahip. Asya’lı ve Avrupa’lı insanlar 60.000 yıl içinde buralara doğru göçen küçük gruplardan gelişerek popülasyon oluşturdu.

Popülasyonların kendi içinde üremesi ve soyunu devam ettirmesinden dolayı Avrupa’da genetik varyasyonların eski göstergeleri silinmiş durumda. Afrika’lı insanların genomu ile araştırmacılar, insanlığı oluşturan evrimsel değişimleri ve kökenlerini çok daha eskiye bakarak gözlemleyebiliyor.

 


Referans :

  1. Bilimfili,
  2. Nature
  3. Li H1, Durbin R. Inference of human population history from individual whole-genome sequences. Nature. 2011 Jul 13;475(7357):493-6. doi: 10.1038/nature10231.
  4. Udupa A, Wahi RS, Chansouria JP, Srinivasan S, Udupa KN. Monoamine oxidase in thyroid gland of rats: effect of neurohumors, thyroxine, carbimazole, adrenaline, beta-adrenergic blockers & MAO inhibitors. Indian J Exp Biol. 1976 Jan;14(1):14-8. http://dx.doi.org/10.1101/018929 (2015).