Çapraz alerji, insan antikorlarının, gerçek alerjiyi tetikleyen antijene çok benzeyen diğer antijenlere karşı alerjik reaksiyonudur
Alerjik reaksiyonlar, immünoglobulinler E tarafından tetiklenir. Bu farklı IgE molekülleri, antijenlerin bağlanma bölgesinde farklılık gösterir. Tanıma dizilerine sahip bu bağlanma bölgesi, alerjenler üzerinde karşılık gelen dizileri (epitoplar) bulabilir. Farklı alerjenlerin epitopları çok benzerse, fark artık bir IgE molekülü tarafından tanınamaz.
İyi bilinen bir örnek, huş alerjisi olan kişilerde görülen oral alerji sendromudur. Etkilenen bireylerin antikorları normalde huş polenindeki bir alerjeni tanır. Bununla birlikte, bu alerjen bazı elmalarda bulunan bir proteine o kadar benzer ki, alerjisi olan kişiler bu çiğ elmaları yerken ağız ve boğazda alerjik reaksiyonlar yaşar.
Elmalardaki alerjenik protein içeriği çeşide göre değişiklik gösterebilir. Bazı yabani türler veya çeşitler görünümleri ve tatları nedeniyle satılmaz. Bunlar genellikle herhangi bir alerjenik protein içermez veya içerdikleri tanenler tarafından dejenere edilir.
Çapraz alerjiler genellikle gıda tarafından tetiklendiğinden, alerjinin nedeni huş ağacı poleni olsa bile, birçok durumda yanlış bir şekilde başka bir gıda alerjisinin söz konusu olduğu varsayılır.