Genetik olarak memeliler babaya çekiyor

Annenizi çok andırıyor hatta aynı onun gibi davranıyor olabilirsiniz; ancak yapılan yeni bir çalışma memelilerin genetik olarak babalarına daha çok benzediği sonucunu ortaya çıkardı. Spesifik olmak gerekirse, araştırma her ne kadar ebeveynlerimizden aldığımız genetik mutasyon miktarı eşit olsa da bizi biz yapan mutasyonların çoğunu babalarımızdan aldığımızı gösteriyor.
Nature Genetics‘te yayınlanan makalede, kalıtımla kazanılan özelliklerin anneden ya da babadan alınmasına bağlı olarak  memelilerde birçok farklı sonuca ulaşabildiği gösteriliyor.  Bu buluş, insan genetiğinin keşfi için yeni bir kapı açması bakımından istisnai yeni bir araştırma. Ebeveyn kaynaklı kalıtımın gözlemlendiği 95 gen biliniyor ve  “izi kalmış, damga basılmış” anlamlarına gelen “imprinted gen”ler olarak adlandırılıyor. Bu genler mutasyonun annesel ya da babasal olarak kalıtılmasına bağlı olarak çeşitli hastalıkların ortaya çıkışında rol oynayabiliyor. Bugün, yapılan bu yeni çalışma ile “imprinted” genlerden farklı binlerce ayrı genin ebeveyn-kaynaklı olma etkisine sahip olduğu anlaşılmış durumda.

Bu araştırma için anahtar niteliğindeki şey ise dünyadaki en geniş genetik çeşitlilik yelpazesine sahip fare popülasyonunun bulunduğu Collaborative Cross oldu.  Geleneksel laboratuvar fareleri genetik çeşitlilik bakımından son derece kısıtlı olduğundan insan genetiği hastalığı çalışmalarında da aynı şekilde kısıtlı bir kullanıma sahiplerdi.

Gen ekspresyonu DNA’yı, hücrede birçok farklı fonksiyona sahip proteinlere dönüştüren bir mekanizma olduğundan, insan sağlığı için büyük öneme sahip. Gen ekspresyonunu değiştiren mutasyonlar bu nedenle “düzenleyici” mutasyonlar olarak adlandırılmakta. Bu tarz genetik çeşitlilikler diyabet, kardiyovasküler hastalıklar,nörolojik rahatsızlıklar gibi yalnızca bir genin ekspresyonundaki değişiklikten değil yüzlerce, hatta binlerce gendeki ekspresyon farklılığından kaynaklanan hastalıkların temelini oluşturmakta.

Bu çalışma için ekip, farklı kıtalar üzerinde evrilmiş alt türlerden gelen, genetik olarak farklı fare türleri seçti ve her bir türün aynı anda anne ve baba olarak kullanıldığı çiftleştirmeler ile dokuz farklı çeşit hibrid jenerasyon elde etti. Bu fareler yetişkinliğe eriştiğinde 4 farklı dokunun beyindeki RNA dizilemesi dahil gen ekspresyonunu ölçtüler. Sonrasında ise, her bir gen için, ekspresyonun ne kadarının annenin genomundan ne kadarının babanınkinden geldiğini sayılara döktü.

Sonuçlar, genlerimizin yaklaşık % 80 gibi büyük bir oranda çoğunluğunun gen ekspresyonunda farklılıklar yaratan değişkenlere sahip olduğunu göstermekte. İşte tam bu noktada, yüzlerce gende genom düzeyinde babadan kalıtıma yatkınlık şeklinde bir dengesizlik gözlendi. Bu dengesizlik beynindeki gen ekspresyonu ciddi şekilde babasınınkine benzeyen yeni nesiller olarak karşımıza çıkmakta.

Buradaki gen tanılama (ekspresyon) seviyesi anne ya da babaya bağlı bir değişken. Bugün memelilerin babadan kalıtımsal olarak çok fazla genetik çeşitlilik geliştirdi biliniyor. Düşünün ki, bir mutasyon kötü bir etkiye sahip. Eğer anneden geliyorsa babadan geldiğindeki kadar çok gen ekspresyonu gerçekleşmeyecek. Elbette iki türlü de hastalık yapıcı bir etkisi olacağı kesin olurdu.

Bu tip genetik mutasyonlar , çalışıldıkça önümüzdeki gen yüzyılında son derece yol gösterici, hastalık modellemede ve tedaviler üretmekte kalıcı etkiler bıırakarak etkili olacaktır.


Görsel :  © millaf / Fotolia
Referans  :    James J Crowley, Vasyl Zhabotynsky, Wei Sun, Shunping Huang, Isa Kemal Pakatci, Yunjung Kim, Jeremy R Wang, Andrew P Morgan, John D Calaway, David L Aylor, Zaining Yun, Timothy A Bell, Ryan J Buus, Mark E Calaway, John P Didion, Terry J Gooch, Stephanie D Hansen, Nashiya N Robinson, Ginger D Shaw, Jason S Spence, Corey R Quackenbush, Cordelia J Barrick, Randal J Nonneman, Kyungsu Kim, James Xenakis, Yuying Xie, William Valdar, Alan B Lenarcic, Wei Wang, Catherine E Welsh, Chen-Ping Fu, Zhaojun Zhang, James Holt, Zhishan Guo, David W Threadgill, Lisa M Tarantino, Darla R Miller, Fei Zou, Leonard McMillan, Patrick F Sullivan, Fernando Pardo-Manuel de Villena. Analyses of allele-specific gene expression in highly divergent mouse crosses identifies pervasive allelic imbalance. Nature Genetics, 2015; DOI: 10.1038/ng.3222

Kaynak :  Bilimfili, ScienceDaily 

Afrika’dan Çıktığımızdan Beri Zararlı Mutasyon Biriktiriyoruz

Modern insanların (Homo sapiens) ilk olarak Afrika’da 150.000 yıl önce ortaya çıktığı düşünülmektedir. 100.000 yıl sonra da bir kısmının asıl doğdukları toprakları bırakarak önce Asya’ya sonra da daha doğuya ve Bering Boğazı’nı geçerek Amerika’da kolonileşmek üzere yolculuğa başladıkları biliniyor. Excoffier ve araştırma arkadaşları yeni bir teorik model geliştirerek, insanların küçük gruplar halinde göç etmeleri halinde orijinal Afrika’lı ailelerinden iyice uzaklaşarak, genetik olarak koparak bir ‘mutasyon yığını’ olmak üzere zararlı mutasyonları biriktireceklerini öne sürdü. Dahası, bir popülasyonun sahip olduğu bu mutasyon birikiminin, Afrika’dan çıktıklarından bugüne kadar alınan yolu hatta izlenen güzergahı gösterebileceği öne sürüldü.Kısacası; bugün Meksika’lı bir bireyin Afrika orijinli bir bireyden daha fazla zararlı genetik değişken bulunduruyor olmalı.

Hipotezlerini test etmek için araştırmacılar, Afrika dışındaki ve içindeki yedi ayrı popülasyondan (Demokratik Kongo Cumhuriyeti, Namibya, Kamboçya, Cezayir, Pakistan, Sibirya, Meksika) elde edilen genomlardaki anlamlı dizilerin tümünün baz dizilimini çıkarmak (sekanslamak) üzere yeni jenerasyon sekanslama (NGS) teknolojisinden yararlandı. Daha sonra teorilerine uyumlu biçimde zararlı mutasyonların uzamsal yerleşkelerini (söz konusu mutasyonların DNA içerisindeki konumları) simüle etti. Bulgular ise teoriyi doğrular nitelikteydi; kişiye düşen az zararlı mutasyonların sayısı gerçekten de bireyin Güney Afrika’dan uzaklığı ile doğru orantılı olarak artıyor.

Afrika’dan daha uzakta olan popülasyonlardaki zararlı mutasyon yükünün veya sayısının daha çok olmasının temel sebebi ise doğal seçilimin küçük popülasyonlar için çok güçlü etkilerinin olmamasında yatıyor: küçük öncü kabilelerde, büyük popülasyonlara oranla zarar verici mutasyonlar daha düşük verimliliklerle arındırılmış oluyor. Buna ek olarak, Afrika’dan çıkarak çok uzak noktalarda yerleşip kalacak olan topluluklarda asıl zaman yolculukla geçtiği için, doğal seçilimin işini yapması için yeterli vakti olmuyor.

Araştırmanın yazarlarından Stephan Peischl’in konu ile ilgili açıklaması şöyle : ” Düşük derecede zararlı olan mutasyonların, yaklaşık 1000 jenerasyondan daha fazla sürmüş olan Afrika’dan dışarı yayılma sırasında nötr fenomenler olarak evrimleştiğini keşfettik. Buna karşın, çok zararlı mutasyonlar, sanki bir bireyin dayanabileceği bir eşik seviyesi varmış gibi (ya da bu duruma işaret edecek biçimde), Dünya’daki her bireyde benzer oranlarda veya frekanslarda bulunuyor.”

Laurent Excoffier ise : ” 50 bin yıl önce başlayan göçlerin insan genetik çeşitliliği üzerinde bugünde takip edilebilecek işaretler bırakmış olması mükemmel bir şey, ancak bunu gözlemlemek için tüm kıtalardan farklı popülasyonlara ait devasa bir genetik dizi verisine sahip olmak gerekiyor. Yalnızca 5 sene önce bile, bu mümkün değildi.” şeklinde bir açıklamada bulundu.

Araştırma Proceedings of the National Academy of Sciences dergisinde yayımlandı.


Kaynak : Bilimfili, Brenna M. Henn, Laura R. Botigué, Stephan Peischl, Isabelle Dupanloup, Mikhail Lipatov, Brian K. Maples, Alicia R. Martin, Shaila Musharoff, Howard Cann, Michael P. Snyder, Laurent Excoffier, Jeffrey M. Kidd, Carlos D. Bustamante. Distance from sub-Saharan Africa predicts mutational load in diverse human genomes.Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015; 201510805 DOI:10.1073/pnas.1510805112

Farelerde gen terapisi ile duyma kaybı giderildi

Genetik olan insan sağırlığını tedavi etmekte atılan yeni bir adım olarak, bilim insanları gen terapisi kullanarak farelerdeki duyma bozukluğunu kısmen de olsa gidermeyi başardı.

Genetik duyma kaybı yaşayan bazı fareler, Science Translational Medicine‘da yayımlanan makaleye göre, mutantgenlerinin çalışan kopyaları verildikten sonra seslere tepkiler vermeye başladılar. Farelerin mutant genleri, insanda kalıtsal olan sağırlıktan sorumlu olan genlere denk geliyor ve bu da bilim insanlarının gelecekte insanda uygulanabilecek terapiler için çalışmanın son derece önemli olduğunu düşündürüyor.

Kulaktaki sese duyarlı ‘işitme kılları’ (kıl şeklindeki hücreler) sesi işleyerek beynin algılayabileceği bilgiler haline getirmekle görevlidir. Düzgün çalışmaları için spesifik proteinler gerekmektedir ve bu proteinin sentezlenmesi düzeyinde gerçekleşen genetik ve epigenetik değişimler sağırlığa sebep olabilmektedir. Buna sebep olan mmutasyonlardan iki tanesinin etkileri ile savaşmak üzere araştırmacılar, sağır bebek farelerin kulaklarına sağlam genler eklenmiş virüsler enjekte etti. Virüsler işitme kıllarından bazılarına enfekte ederek, onlara sağlam genleri geçirmeyi başardı.

Araştırma ekibi bu terapiyi iki ayrı sağırlığa sebep olan mutasyon üzerinde de denedi. Bir ay gibi kısa bir süre içinde mutasyonlardan birine sahip olan farelerin ( sayısal olarak farelerin yarısı) duymaya bağlı beyin dalgasıaktiviteleri ve yüksek ses verildiğinde sıçramaları gibi tepkileri gözlemlendi.

gen-terapisi-ile-duyma-kaybi-giderildi1-bilimfilicom

HÜCRELERİ KURTARMAK : Ses algılayıcı hücrelerin ( parlak yeşil ) hızlıca ölmesine sebep olan şey bir mutasyondur. Görselin sağ tarafındaki fotoğraflarda da görülebileceği gibi bu hücreler gen terapisi ile kurtarılabiliyor. İç kulaktaki iki ayrı noktanın fotoğrafları alt sıra ve üst sırayı ayrı ayrı oluşturuyor.  Görsel : C. ASKEW ET AL/SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE 2015

Mutasyonlardan ikincisine sahip olan fareler ise tedaviden sonra seslere herhangi bir tepki üretmediler. Ne var ki gen terapisi onların da işitme kıllarına yardımcı oldu ve normalde mutasyondan dolayı hızla ölmekte olan hücrelerin yaşamasını sağladı.

Sağırlığı giderilen fareler ise kısmi bir iyileşme sağladı. Temel duyma işlevini yerine getiren işitme kıllarının çoğu yeni ve mutant olmayan genleri kabul etti. Ancak sesi güçlendirip artıran işitme kıllarının ise küçük bir kısmı bu viral kargoyu kabul etti. Araştırmacılara göre dışta kalan hücrelerin tedaviye cevap vermesi çok da kolay değil ama en azından içerde kalanların ses transmisyonunun çoğunu kontrol etmesi terapinin işe yaramasını kolaylaştırıyor.

Araştırmacılar birgün doğru virüsü tespit ederek tam olarak kusursuz genetik informasyonu yükleyip tüm işitme kıllarında gerçekleşecek olan ve tam iyileşmeyi sağlayacak yöntemi geliştirmeyi umut ediyor. Ekibin en öncelikli amacı viral enfeksiyon oranını geliştirip, yöntemin uzun zaman periyotları boyunca etkili olup olmayacağına bakmak. İnsandaki hastalık tedavilerinde virüslerin geçerli bir yol olduğu ve gen terapilerinde kullanıldığı da hali hazırda biliniyor.

Sağırlık daha birçok genetik bozukluktan kaynaklanıyor olabilir ve her biri için ayrı bir gen terapisinin ayrı ‘en uygun’ yöntemleri tespit edilmek üzere çalışmalar gerekiyor. Ancak mevcut çalışma gen terapisi ile sağırlığın tedavisinin mümkün olduğunu göstermesi açısından dahi çok büyük bir önem taşıyor.

 


Referans : C. Askew et al. Tmc gene therapy restores auditory function in deaf mice. Science Translational Medicine. Vol. 7, July 8, 2015, p. 108. doi: 10.1126/scitranslmed.aab1996

Kaynak : Bilimfili, ScienceNews Website, Gene therapy restores hearing in mice, https://www.sciencenews.org/article/gene-therapy-restores-hearing-mice

Mavi Gözlü İnsanlar Ortak Bir Atadan Geliyor

Yeni yapılan bir araştırmaya göre, mavi gözlü insanlar tek bir ortak ataya sahip. University of Copenhagen’dan bir araştırma ekibi 10.000 ila 6.000 yıl önce ortaya çıkmış olan ve bugün yaşamakta olan mavi gözlü insanların göz renginden sorumlu olan bir genetik mutasyonun izini sürdü.

Genetik Mutasyon

Aynı üniversitede moleküler ve hücresel tıp profesörü olan Hans Eiberg şöyle açıklıyor : “Orijinalinde hepimiz kahverengi gözlüyüz. OCA2 genini etkileyen bir genetik mutasyon sonucunda bir ‘geçiş’ yaşandı ve bu da kahverengi göz üretebilme özelliğini durdurdu.”

OCA2 geni, P proteini olarak bilinen ve melanin üretiminde rol alan bir proteini kodlar. Melanin proteini ise derimize ve gözlerimize rengini veren pigmenttir. Burada bahsedilen ‘geçiş’ kavramı ile kastedilen OCA2 ile bitişik komşu olan bir gende meydana gelen mutasyonun OCA2 genini etkilemesidir, ancak tamamen geni durdurması değil. Bitişik gende olan mutasyon daha çok, gözün iris katmanında veya bölgesinde melanin proteininin üretim aktivitesini düşürüyor ve böylelikle gözün renginin seyrelip mavileşmesine sebep oluyor. Buradan da anlayacağımız üzere buradaki kayma veya geçiş aktivitesi son derece spesifik sonuçlar doğuruyor. Çünkü mavi gözlü de olsa insanlar koyu bir tene, koyu saçlara sahip olabiliyorlar veya başka bir deyişle tüm mavi gözlüler ‘albino’ olmuyor.

Sınırlı Genetik Varyasyon

Göz rengindeki çeşitlilik (tam kahverengiden yeşile kadar) irisdeki melanin miktarı ile açıklanabilirken, mavi gözlü insanlarda durum biraz farklı çünkü mavi gözlü insanlar arasında gözlerindeki melanin miktarı açısından çok büyük farklılıklar bulunmuyor. Buradan çıkan sonuca göre araştırmacılar tüm mavi gözlü insanların bir şekilde aynı ortak ataya bağlandığını öne sürüyorlar. Bu insanların tamamı DNA’larının tam olarak aynı noktasında aynı ‘geçiş’ özelliğini taşıyor ve bunu genetik miras olarak taşıyor. Buna karşılık kahverengi gözlü olan insanlar melanin üretiminin farklı aşamalarında görev alan veya kontrol eden tüm genler için DNA’larında farklı ve hatta çeşitli bireysel özellikler taşıyabiliyorlar.

Profesör Eiberg ve araştırma ekibi, içinde Ürdün, Danimarka ve Türkiye’nin de bulunduğu çok farklı ülkelerden mavi gözlü bireylerin göz rengini karşılaştırdı ve mitokondriyal DNA’larını inceledi. Yine aynı profesör tarafından 1996’da ortaya koyulan OCA2 geninin göz renginden sorumlu olduğu bulunmuştu.

7.000 Yıllık Mavi Gözlü Bir İnsanın Betimlenmesi

Doğa Genlerimizi Karıştırıyor

Kahverengi gözden maviye geçiren mutasyonlar herhangi bir şekilde pozitif veya negatif mutasyon olarak sınıflandırılamıyor. Bu da aynı saç rengi, kellik, deride çillerin olması gibi bireyin hayatta kalma şansına etki etmeyen bir mutasyon olduğunu gösteriyor. Belli ki doğa sürekli canlıların genleri ile oynuyor ve kromozomlarımızın envai çeşidi oluşurken birbirinden yaşam şansı daha fazla olan/ olmayan bir karışım oluşuyor.


Kaynak : Bilimfili, Hans Eiberg, Jesper Troelsen, Mette Nielsen, Annemette Mikkelsen, Jonas Mengel-From, Klaus W. Kjaer, Lars Hansen. Blue eye color in humans may be caused by a perfectly associated founder mutation in a regulatory element located within the HERC2 gene inhibiting OCA2 expression. Human Genetics, 2008; 123 (2): 177 DOI:10.1007/s00439-007-0460-x

Neden Yaşlanırız?

Bilim insanları, Werner Sendromu adı verilen prematüre yaşlanma hastalığı üzerinde çalışarak normal insan yaşlanmasına sebep olan temel faktörleri de ortaya çıkardı: Gevşek ve düzensiz DNA demetleri. Makale daha bu hafta Science dergisinde yayınlandı.

Werner Sendromlu insanlar hayatlarının erken evresinde katarakt, saç beyazlaması, kemik erimesi (osteoporoz), tip 2 diyabet, kanser gibi yaşlılığa bağlı hastalıklara yakalanmaya başlarlar. Bu hastaların çoğu 40lı ya da 50li yaşlarının başında ölürler.Bu hastalık, WRN genindeki mutasyondan  ve WRN proteinindeki eksiklikten kaynaklanır. Daha önceki çalışmalar DNA’yı kendi yapısında ve sağlam bir şekilde tutan proteinleri ortaya çıkarmış olsa da bu proteinin mutasyona uğramasının DNA yapısını ve hücresel yapıyı nasıl bozulmaya uğrattığı bilinmemekte.

Görsel : Salk Institute , This image shows normal human cells (left) and genetically modified cells developed by the Salk scientists to simulate Werner syndrome (right), which showed signs of aging, including their larger size
Görsel : Salk Institute ,  Solda normal insan hücreleri gösteriliyor. Sağ tarafta ise bilimcier tarafından genetiği değiştirilerek Werner Sendromu yaratılmış hücreler gösteriliyor. Burada, daha büyük boyutlarda bölünmemiş ve yaşlanmış hücreler bulunuyor.

Werner sendromunun hücresel modelini yaratmak üzere Çin Bilimler Aakdemisi üyeleri, insan embriyosunda bulunan kök hücrelerdeki WRN geninin bir kısmını etkisiz hale getirdi. Hücreler olgunlaştığında, Werner Sendromu hastalarında görülen mutasyona benzer bir hücre yapısının oluştuğu gözlendi. Bu da erken yaşlanmanın bir belirtisi olarak kaydedildi. Bu belirtiler, hücrelerin bölünme yeteneğini yitirmesi ve telomerlerinkısalması olarak kendini gösterdi. Önemli olarak, hücre çekirdeklerinde sıkıca paketli halde bulunan DNA olan heterokromatinleri düzensiz bir hale geçmişti. Normalde yaşlandığımızda hücrelerimizde olan tam da bu…

 

WRN  proteininin heterokromatinlerin stabilizasyonunu sağlayan bir koruyucu olduğu bu çalışma ile gösterilmiş oldu. Bu önemli DNA demeti, genlerin aktivitesini ve moleküler bileşenlerini kontrol eden bir nevi açma kapama düğmesi olarak görev almaktaydı. Bir diğer yandan, WRN geninin silinmesi hücrenin heterokromatin yapısını değiştirerek yaşlanmasını hızlandırmaktaydı.

Tüm bu değişimler doğal insan yaşlanmasının itici gücü olabilir ve paket halindeki DNA’nın nasıl bozulduğu anlaşıldığında ise Werner sendromu ve diğer yaşlanmaya bağlı rahatsızlıkları engelleyecek ve tedavi edecek yöntemler geliştirilebilecek. Yapılan bu yeni çalışma, Werner Sendromu ve heterokromatin düzeninin bozulması arasındaki bağıntıyı kurmakta ve böylelikle bir genetik mutasyonun hücresel süreçlerin genel bozulumuna nasıl sebep olduğuna dair moleküler mekanizmayı ortaya koymakta.


Kaynak :

  1. Bilimfili
  2. IFLscience
  3. Weiqi Zhang1,*, Jingyi Li2,*, Keiichiro Suzuki3,*, Jing Qu4,*, Ping Wang1, Junzhi Zhou1, Xiaomeng Liu2, Ruotong Ren1, Xiuling Xu1, Alejandro Ocampo3, Tingting Yuan1, A Werner syndrome stem cell model unveils heterochromatin alterations as a driver of human aging Published Online April 30 2015 Science 5 June 2015: Vol. 348 no. 6239 pp. 1160-1163 DOI: 10.1126/science.aaa1356