Peptidil transferaz, hücresel makine içindeki proteinlerin sentezinde önemli bir rol oynayan önemli bir ribozimdir. Bu enzim, özellikle protein sentezinin translasyon aşamasında, ribozomun fonksiyonunun ayrılmaz bir parçasıdır. “Peptil transferaz”ın etimolojisi, peptidlere atıfta bulunan “sindirilmiş” anlamına gelen Yunanca “peptidos” kelimesine ve peptidil gruplarının aktarılmasındaki işlevini belirten “transferaz” kelimesine kadar uzanır. Peptil transferazın keşfi ve karakterizasyonu, moleküler biyoloji ve protein sentezinin inceliklerine ilişkin anlayışımızı önemli ölçüde geliştirmiştir.
Peptidil transferazın birincil işlevi, mRNA’nın fonksiyonel proteinlere dönüştürülmesinde kritik bir adım olan amino asitler arasındaki peptid bağlarının oluşumunu katalize etmektir. Bu enzimatik aktivite, peptidil transferaz merkezinin (PTC) bulunduğu ribozomda meydana gelir. Ribozom, mRNA şablonunu, tRNA’ları ve proteinleri sentezlemek için gerekli enzimatik mekanizmayı bir araya getirerek iskele görevi görür. Translasyon sırasında aminoasil-tRNA’lar, mRNA ile kodon-antikodon etkileşimlerinin rehberliğinde spesifik amino asitleri ribozoma iletir. Peptidil transferaz daha sonra büyüyen polipeptit zincirinin P bölgesine bağlı tRNA’dan A bölgesine bağlı tRNA’ya bağlı amino aside transferini katalize eder, böylece yeni bir peptid bağı oluşur.
Peptidil transferaz aktivitesinin geleneksel bir protein enzimi tarafından değil, bir ribozomal RNA (rRNA) bileşeni tarafından gerçekleştirildiğinin anlaşılması önemli bir atılımdı. Bu keşif, ribozimler veya katalitik aktiviteye sahip RNA molekülleri kavramının altını çizdi ve tüm enzimlerin protein olduğu yönündeki hakim dogmaya meydan okudu. Dolayısıyla ribozom, rRNA’nın yalnızca yapısal değil aynı zamanda katalitik olarak aktif olduğu ve peptidil transferaz aktivitesini bünyesinde barındıran bir ribonükleoprotein kompleksidir.
İleri Okuma
- Moore, P.B., & Steitz, T.A. (2003). The involvement of RNA in ribosome function. Nature, 418(6894), 214-219.
- Nissen, P., Hansen, J., Ban, N., Moore, P.B., & Steitz, T.A. (2000). The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis. Science, 289(5481), 920-930.
- Schmeing, T.M., & Ramakrishnan, V. (2009). What recent ribosome structures have revealed about the mechanism of translation. Nature, 461(7268), 1234-1242.
- Steitz, T.A. (2008). A structural understanding of the dynamic ribosome machine. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 9(3), 242-253.
- Weinger, J.S., Parnell, K.M., Dorner, S., Green, R., & Strobel, S.A. (2004). Substrate-assisted catalysis of peptide bond formation by the ribosome. Nature Structural & Molecular Biology, 11(11), 1101-1106.
