İlk Kez ‘Tek Bir Protein Molekülü’nün Fotoğrafları Çekildi

Flaşın patladığı anda derimizi yakacak kadar parlak ve güçlü olacağını bilsek, selfie çekmeyi aklımızdan bile geçirmezdik. Biyologlar şu an mikroskop altında proteinleri çalışırken buna benzer bir problemle yüzleşiyorlar çünkü günümüz görüntüleme teknikleri protein moleküllerine zarar veriyor. Buna karşın bir kurtarıcı mevcut; ‘grafen’ (karbonun ultra ince zar yapısındaki formu) ve hatta tek bir proteinin ilk görüntüleri başarı ile alındı bile.

Proteinler hakkında çok fazla bilgisi olmayanlar için şunu söylemekte yarar var; proteinlerin fotoğraflarını çekebilmek veya herhangi bir yöntemle görüntüleyebilmek yapısal formlarını, parçalarını, bileşenleri ve bunlara bağlı olarak da fonksiyonlarını anlayabilmemiz için büyük bir önem taşıyor. Hatta proteinlerdeki hatalar hastalıkların da temel sebeplerinden biri olduğu için birçok hastalığın tedavisi için de protein yapısındaki bozuklukları anlayabilmek aynı şekilde hayati bir öneme sahip. Ne var ki; X-ray kristalografi veya kriyo-elektron mikroskobisi (bir elektron mikroskobu tekniği çeşidi, bu teknikte incelenecek olan örnekler çok düşük sıcaklıklarda gözlemleniyor) gibi yöntemler milyonlarca molekülün ortalamasını alarak varsayıma dayalı ve kapalı bir görüntü elde etmemize sebep oluyor.

Bir varsayımsal ortalama almak ise bu anlamda gerekli sayılır, çünkü X-ışını veya yüksek enerjili elektronlarla bir molekülü aydınlatarak görüntülemek o proteine zarar verebiliyor yani sonuçta tek ve düzgün bir şeklin görüntüsünü almak mümkün olmuyor. Bunun yanı sıra bir molekülü de bir noktada görüntüsünü alana kadarki sürede sabit tutmak da son derece zorlu bir işlem. Şimdi ise Zürih Üniversitesi’nden Jean-Nicolas Longchamp ve araştırmacı arkadaşları tam da bu sorunları aşarak bekleneni gerçekleştiren bir yöntemle ortaya çıktılar.

İlk olarak bir protein çözeltisini, haliyle ince olan grafen düzlemin üzerine spreyle yayarak molekülleri burada sabitliyorlar. Daha sonra da holografik elektron  mikroskobun (elektron dalgalarını kullanarak holografik görüntü elde etmeye yarayan teknik) altında görüntüyü alabiliyorlar.

Bu enstrüman düşük enerjili elektronlardan yararlandığı için proteinlerin yapısına zarar vermiyor. Dezavantaj gibi görünen tek kısım ise bu şekilde oluşan görüntünün mikroskobun detektöründen geçememesi ki tam da burada grafen devreye giriyor. Bildiğimiz üzere optik mikroskoplarda kullandığımız lam ve lameller vardır. Buradaki elektron mikroskobu için de araştırmacılar düşük enerjili elektronların geçebileceği kadar ince bir şeye ihtiyaç duyuyorlardı ve bu işi grafenle halletmeyi başardılar.

Araştırma ekibi bu tekniği tamamı birkaç nanometre boyutlarındaki bir dizi protein (hemoglobin bunlardan birisi) üzerinde denediler. Bugüne kadar yazılımsal olarak veya diğer görüntüleme teknikleri ile elde edilen modellerle gayet iyi bir biçimde uyuşan sonuçlar elde edildi. Aşağıdaki görselde hemoglobin, sitokrom c domainleri ve BSA proteinleri için bu sonuçlar gösterilmiş. (a) dizisi yeni teknikle elde edilen fotoğrafları, (b) dizisi de daha önceki verilere dayalı olarak oluşturulmuş olan modelleri gösteriyor.

ilk-goruntulenen-protein-bilimfiliocm
Görsel Telif : Jean-Nicolas Longchamp of the University of Zurich, Switzerland

Araştırmacılar şimdi de mevcut tekniklerle görüntülenemeyen molekülleri bu yeni teknik ile fotoğraflamayı planlıyorlar. Bunun sonucunda da yeni medikal araştırmaların ve tedavi biçimlerin geliştirilebileceğini öngörmek mümkün.

 


Kaynak : Bilimfili, Longchamp, Jean-Nicholas, et. al. ; How to image a single protein, 30 Dec 2015 arxiv.org/abs/1512.08958

Hareket Hızınız Kararlarınızdaki Sağlamlığınızı Değiştiriyor

Alakasız gibi görünen bu iki şey arasında güçlü bir bağ var: Vücudunuzun hareket hızı ve kararlarınızdaki sağlamlık seviyeniz. Bu yıl yapılan bir araştırma; insanların hızlı ve yavaş hareket ettikleri zamanlarda, bir testte doğru cevabı verip vermediklerine dair kararlarında daha kararlı ya da daha az kararlı oldukları bulgusuna ulaştı.

Öncelikle kararlarımızın doğruluğuna dair yargıda bulunma noktasında biz insanlar oldukça kötüyüzdür. Şaşırtıcı bir biçimde, genellikle yanlış kararlarımızda, doğru kararlarımıza kıyasla çok daha fazla inatçı oluruz. Ve paradoksik bir şekilde, bir işte oldukça iyi olan birisi, genellikle yeteneğine dair daha az özgüvenlidir.

Kararlarımızın doğruluğunu yargılama yetimiz, üstbilişi (en. metacognition) ya da düşündüğümüzü düşünebilmemizi ve düşünce süreçlerimizi düşünebilmeyi gerektirir. Karar verme ve yargıda bulunma süreci, çoğunlukla beynin frontal bölgeleriyle ilintilidir, fakat bu yeni araştırma; alakasız bir beyin ağının varlığına, hareketleri kontrol eden ve düzenleyen motor sistemin aynı zamanda kararlarımızdaki direngenliğimiz üzerinde de bir role sahip olduğu bulgusuna ulaştı. Bu rol, insanların karar verme sürecinde motor sistemi aksatarak kararlarımızın doğruluğuna dair yargıda bulunma yetimizi önemli oranda azaltacak kadar önemli bir roldür.

Ve diğer insanların öznel durumlarına dair çıkarımlar yapıyorken, hareket bilgilerini birleştirdiğimize dair ipuçları da bulunuyor. Örneğin; karar alırken hızlı hareket eden bir kişiye dair yargıda bulunurken kendimize daha çok güveniriz.

University of College London’dan Eleanor Palser öncülüğündeki araştırma ekibi, aynı durumun kendimizi yargılarken de işleyip işlemediğini test ettiler. Yani; kararlarımızdaki kararlılık seviyemiz, karar alma sürecimizde kendi hareketlerimizi gözlemlememizden etkileniyor mu? 

Ekim ayında Society of Neuroscience‘ın yıllık sempozyumunda sunulan çalışma için, araştırma ekibi; 48 katılımcıdan basit bir görsel ayrımsama görevini tamamlamalarını istedi. Katılımcılara; iki kez üst üste aynı derecelendirme örüntüsü gösterildi ve kendilerinden hangi örüntünün daha parlak olduğunu bir bilyeyi iki kutudan birine atarak belirtmeleri istendi. Her deneyimin ardından, katılımcılara kararlarında ne kadar kararlı olduklarını 1 den 99 a kadar numaralar içeren bir ölçekte değerlendirmeleri istendi.

Geçmişteki bulgularla paralel olarak, katılımcıların –bilyeyi atma hızları– hareketlerinin daha hızlı olduğu durumlarda kendi kararlarında daha kararlı oldukları görüldü. Aynı şekilde hareketlerinin yavaş olduğu durumlarda ise daha az kararlı oldukları görüldü.

Sonrasında, katılımcılar bir hareket eğitim aşamasına alındılar. Bu aşamada, katılımcılardan; bilgisayardan gelen geribildirime dayalı olarak bilyeyi hızlı ya da yavaş göndermeleri istendi. Bu çalışmaların herbirinin ardından katılımcılardan görsel ayrımsama görevini tekrarlamaları istendi.

Bu kez, katılımcıların hareket hızlarının manipülasyonu bazı beklenmedik sonuçlara yol açtı. Kararlılık seviyeleri ve hareket hızları arasındaki ilişki tersine dönmüştü.

Araştırmacılar; katılımcıların hızlı denemelerin ardından daha kararlı ve yavaş denemelerin ardından daha az kararlı olmalarını beklediklerini, ancak tam tersini gördüklerini söylüyorlar. Yani, hızlı denemeler; katılımcıların doğru cevap verdiklerinde kendi cevaplarına dair daha az kararlı olmalarına, fakat yanlış cevaplar verdiklerinde ise çok daha kararlı olmalarına yol açmıştı. Bu durumu; “yanlış inadı” etkisi olarak tanımlayan Palser; belki de hızlı denemelerin ardından katılımcıların doğru bir yargıda bulunma ve bilgiyi doğru şekilde işlemeye zamanları olmadığını söylüyor. Öte yandan, yavaş denemeler ise katılımcıların üstbiliş yetilerini artırmış ve kararlarına dair –doğru ya da yanlış– daha tutarlı bir biçimde yargıda bulunma yetilerini güçlendirmişti.

Bunun yanısıra, –beklenmedik bir şekilde– sonuçlar; vücut hareketlerinin yalnızca bilişi değil aynı zamanda üstbilişi de etkileyebiliceğine dair daha fazla delil sağlıyor. Dahası, bizlerin kendi hareketlerimizi gözlemleyerek kararlarımız hakkında bilgi topladığımızı ve bu kararlılık seviyelerimizin vücudumuzun nasıl hareket ettiğine göre değişebileceğini gösteriyor. Görünen o ki; tamamen alakasız şeyler hakkında yargıda bulunurken kendi hareketlerimizi de kullanıyoruz.


Kaynak: Bilimfili

Makale Referansı: Fleming, Stephen M., Brian Maniscalco, Yoshiaki Ko, Namema Amendi, Tony Ro, and Hakwan Lau. “Action-specific disruption of perceptual confidence.” Psychological science 26, no. 1 (2015): 89-98.

Çocuklar Bir Şeye Odaklanırken Neden Dillerini Dışarı Çıkarırlar?

Oldukça hassasiyet gösteren bir işe odaklandığınızda dilinizin ucunu hafifçe dışarıya doğru çıkarıyor musunuz? Bazı yetişkinler ve çocukların büyük çoğunluğu bu davranışı gösterirler. Peki neden?

Yıllar sonra bilim insanları bu merak uyandıran duruma dair çeşitli açıklamalar getirdiler. Bazıları; odaklanma davranışının motor sinyallerde bir coşmaya sebep olduğu bu durumun da dili dışarı çıkarma ile sonuçlandığını ileri sürüyor. Bazıları ise; tok bebeklerin anne memesini ya da biberonu reddetmek için dillerini dışarı çıkarmaları durumunun daha sonradan “beni yalnız bırak” anlamına gelen bir reddetme sembolü halini aldığını ileri sürüyor.

Cognition ‘da yayımlanan bir çalışmada ise; araşırmacılar, bu yaygın davranışın, konuşma yeteneğinin kökeninin jestler olduğu teorisine destek sunduğunu ileri sürüyor.

Yürütülen çalıma kapsamında, araştırmacılar; yüksek derecede konsantrasyon gerektiren 6 görevi tamamlamaları için 4 yaşındaki 14 İsveçli çocuğu kayıt altına aldılar. Bu 6 görevde, iyi derecede motor kontrolü gerektiren küçük oyuncakları elle kullanma becerisi, bir başkası bir hikayedeki bilgiyi hatırlama, çocuğun dikkatini  ve araştırmacı elini masaya vurduğunda çocuğun da hafifçe elini masaya vurmasıyla karşılık bulan bir oyundaki kontrolünü ölçen bir görevi içeriyor. Bu görevler gerçekleştirilirken araştırmacılar çocukları videoya kaydettiler.

Sonrasında, araştırmacılar; çocukların ne sıklıkta dillerini dışarı çıkardıklarını not alarak videolar üzerinde çalıştılar. Videolarda çocukların bütün görevlerde dillerini dışarı çıkardıkları görüldü. Ancak garip bir biçimde, görev iyi derecede motor kontrol gerektirmese bile, çocuklar elle masaya vurma oyununda dillerini daha sıklıkta dışarı çıkarıyorlardı.

Bu bulgu; konuşma dilinin, el jestlerinden evrildiği fikriyle oldukça uyum içerisinde olduğunu gösteriyor. Elle masaya vurma oyunu sırasında dili dışarı çıkarma durumu el ve dil arasında çift taraflı bir bağlantı olduğunu ileri sürüyor. Örneğin; el hareketlerinin yapılandırılmış sırası gerçekleştirildiğinde, bu hareketlere spontane dil hareketleri de eşlik ediyor. Dahası, bu oyunda hızlı konuşma sırası ve yapılandırılmış el hareketleri sırası dilin kendine özgü bileşenleri olduğunu gösteriyor.

Çocuklara dair yürütülen yakın bir gözlemin ardından, araştırmacılar çocukların dillerini biraz daha sağa doğru çıkardıklarını fark ettiler. Bu durum; beynin –sağ elini kullananlarda– dil ile ilgili lobu olan sol lob tarafından kontrol edildiğini gösteriyor.

İlginç bir biçimde, çocuklar, hiçbir motor hareket gerektirmeyen hikâye hatırlama görevi sırasında da dillerini dışarı çıkarıyorlar. Fakat araştırmacılar; içsel konuşma becerisinin de dil hareketlerini tetiklemesinin mümkün olduğunu söylüyorlar.


Makale Referansı: Forrester, Gillian S., and Alina Rodriguez. “Slip of the tongue: Implications for evolution and language development.” Cognition 141 (2015): 103-111.
Kaynak: Bilimfili, Bahar Gholipour, “Why Do Kids Stick Their Tongues Out When Focusing?,” https://www.braindecoder.com/what-do-kids-stick-their-tongues-out-when-focusing-1224103965.html

İlaca Dirençli Akciğer Kanseri 50 Kat Düşük Doz ile Tedavi Edildi

Paklitaksel adlı kanser ilacı daha etkili olmaya başladı. İlk duyulduğunda abes bir ifade gibi gelse de University of North Carolina’dan bilimciler ilacı hastanın kendi bağışıklık sisteminden elde edilmiş taşıyıcıların içine paketleyerek, ilacın vücudun defans mekanizmaları ile bozulmasını engelledi ve böylelikle tüm tümörün üzerinde etkili olmasını sağladı.

UNC Eshelman School of Pharmacy’den Doçent Elena Batrakova: “Bu, 50 kat daha az ilaç kullanarak hala aynı sonuçları alabileceğimiz anlamına geliyor.” diyerek ekliyor: ” Bu önemli, çünkü bu yolla hastalarımızı güçlü kemoterapi ilaçlarının daha küçük ve net miktarlarıyla tedavi ederek daha az ve hafif yan etkilerin görüldüğü, daha etkili bir tedavi sağlanacak.”

Batrakova  ve UNC Eshelman School of Pharmacy’nin Nanoteknoloji Merkezindeki ekibi tarafından yürütülen çalışma, vücudu hastalıklara karşı koruyan beyaz kan hücrelerinden elde edilen küçük kürecikler şeklindeki eksozomlara dayanmakta. Eksozomlar, hücre zarı ile aynı materyalden oluşmakta ve hastanın vücudu eksozomları yabancı madde olarak görmemekte; bu,  geçtiğimiz yüzyılda vücuttaki  ilaç dağıtım sistemlerinde plastik kaynaklı nanoparçacıklar kullanılırken karşılaşılan en büyük zorluğun üstesinden gelmekte.

Bu tekniği aynı zamanda Parkinson hastalığında potansiyel tedavi olarak kullanan Batrakova: “Eksozomlar, doğada mükemmel bir taşıyıcı olarak tasarlanmıştır.” diyor. “Beyaz kan hücrelerinden eksozomlar kullanarak, ilacı görünmezlik pelerini ile kaplayıp bağışıklık sisteminden saklıyoruz. Tam olarak nasıl yaptıklarını bilmiyoruz ama eksozomlar sahip oldukları her türlü ilaç direncini aşarak ve taşıdığı yükünü gerekli yere ileterek  kanser hücrelerine akın ediyor.”

Paklitaksel, Amerika’da meme, akciğer ve pankreas kanserinin birinci (başlangıç) ve ikinci basamak tedavisinde etkili bir ilaç olarak kullanılmakta. Saç dökülmesi, kas ve kemik ağrıları ve ishal gibi ciddi ve hoş olmayan yan etkiler yaratabilmekte ve hastalarda ciddi enfeksiyon riskine sebep olabilmekte.

Batrakova’nın ekibi, araştırmalarında fare beyaz kan hücrelerinden eksozomu çıkararak içlerini paklitakselle yüklediler. Sonrasında, eksoPXT adını verdikleri ilaçlarını petri kaplarında birden fazla ilaca dirençli kanser hücrelerinde denediler. Ekip, mevcut kullanılmakta olan paklitaksel formulasyonundan 50 kat daha az eksoPXT kullanarak, aynı kanser yok edici etkiyi gözlemledi.

Araştırmacılar sonrasında tedaviyi ilaca dirençli akciğer kanserine sahip fare modellerinde test ettiler. Akciğerlere nüfuz edişini gözlemlemek için eksozomları bir boya ile yüklediler ve eksozomların kanser hücrelerini araştırıp bulmak ve işaretlemekte titiz olduklarını gördüler.  Bu da onları hem şaşırtıcı derecede iyi bir teşhis aracı hem de güçlü bir terapötik araç haline getiriyor.

 


Kaynak : Bilimfili, Myung Soo Kim, Matthew J. Haney, Yuling Zhao, Vivek Mahajan, Irina Deygen, Natalia L. Klyachko, Eli Inskoe, Aleksandr Piroyan, Marina Sokolsky, Onyi Okolie, Shawn D. Hingtgen, Alexander V. Kabanov, Elena V. Batrakova. Development of exosome-encapsulated paclitaxel to overcome MDR in cancer cells.Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine, 2015; DOI: 10.1016/j.nano.2015.10.012

Tat Almanın Bilimi

Okullarda duyu organlarımızla ilgili birçok bilgi veriliyor. Bunların büyük bir kısmı genel geçer doğrular olsalar da, bazıları ya yüzeysel ya da eski bilgiler oluyor. Bunlardan en meşhuru, dilde “belli tat alanlarının olduğu” iddiası örneğin… Bir diğer meşhur örnek, sadece 4 tat tipinin bulunduğu iddiası… Bu görselimizde, tat almanın bilimini güncel bilgilerle gözden geçireceğiz.

 
Kaynak: visual.ly

Virüsler Canlılar ve Modern Hücrelerden Daha Yaşlılar!

Virüsler, yaşamımız üzerinde büyük etkiye sahiptir ve çeşitli hastalıklara sebep olan virüslerden kendimizi nasıl korumamız gerektiğine dair büyük atılımlar içeren çalışmalar yapıyoruz. Fakat bilim insanlarının uzun süredir doğrulamaya çalıştıkları bir şey var; virüsler canlı mı değil mi? Çünkü virüsler ev sahibi (host) bir hücre olmadan hayatta kalamaz ve çoğalamazlar, bunun yanı sıra genlerindeki çok hızlı bir değişimlerden kaynaklı bilim insanları virüslerin ne zaman ve nasıl evrimleştikleri üzerine çalışma yürütemediler.

Fakat yeni yapılan bir çalışma ile ABD’den araştırmacılar; virüslerle ilgili ilk yaşam ağacını tamamlamayı başardılar. Ve bu çalışma; virüslerin yalnızca canlı olduklarını göstermekle kalmıyor, onların çok çok geçmişten beri var olduklarını ve hücrelerle birlikte çok uzun bir evrimsel geçmişe sahip olduklarını ortaya koyuyor. Ve görünen o ki; virüsler artık hayat ağacında bir yeri hak ediyorlar.

Virüslerin benzersiz yaşam döngüleri bilim insanları için hep kafa karıştırıcı bir sorun olarak kalmıştı. Daha da özele indirgersek; aslında virüsler; besinleri metabolize edemezler ve kendi DNA ve RNA ‘larını kopyalamak için gerekli olan proteinlere sahip değildirler, bunun yerine diğer canlıları istila ederek onların proteinlerini bu işlem için kullanırlar. Bu da bazı bilim insanlarını; virüslerin diğer canlı hücrelerden alınan protein paketli DNA ve RNA’nın cansız iplikçikleri olduğunu tartışmaya götürdü.

Her şeyi daha da karmaşık hale getiren ise; Ebola‘nın da dahil olduğu bazı virüsler oldukça az sayıda gene sahipler (Ebola; tamamı ölümcül hasara sebep olan 7 gene sahip). Öte yandan diğer virüsler –örneğin yeni keşfedilen dev virüsler gibi– bakteriden daha fazla gene sahipler.

Çok farklı tipteki bu virüslerin nasıl evrimleştiğini ortaya çıkarmak için birçok adım atıldı, fakat her konakta birçok defa kendilerini –genetik olarak– kopyaladıkları için, genleri hızlı bir mutasyona uğruyor ve çoğunlukla da konak hücrenin genleriyle karışıyor. Dolayısıyla da bu görev biraz imkansız bir hal alıyor.

Bu yeni çalışma ise bu fikirden vazgeçti ve bunun yerine proteinlere karmaşık, 3 boyutlu yapısını veren yapılar olan protein “kıvrımları” olarak isimlendirilen şeye odaklandı. Bu kıvrımların; viral genleri değiştirme olasılıkları çok daha azdır, çünkü kıvrımlar  onların değişimlerini başlatan koda dair bir genetik dizilimleri olsa bile yapılarını koruyorlar.

5080 organizma ve 3460 virüsteki kıvrımların analizlenmesi neticesinde, araştırmacılar; virüslerin ve modern hücrelerin 442 protein kıvrımının ortak olduğunu ve yalnızca kıvrımlardan yalnızca 66’sının sadece virüslere özgü olduğu bulgusuna ulaştılar. Fakat, bu 66 kıvrım hücrelerde hiçbir benzerlik taşımıyor ve bu durum da virüslerin bütün genetik materyallerini konak hücrelerden aldıkları hipotezi ile çelişiyor.

Bu bilgi onların kabaca bir hayat ağacı oluşturmalarına olanak sağladı ve böylelikle virüslerin modern zamanlardaki hücrelerle ortak atalardan geldiklerini ama daha eski olduklarını gösterdi. Science Andvances’deki araştırmacılara göre; virüsler birçok antik hücreden evrimleşmişlerdir ve modern hücrelerin atalarıyla aynı anda bulunmuşlardır.

Tabi ki, bu durum, virüslerin birden bire bizim bildiğimiz yaşam tanımına tam olarak uyduklarını göstermez. Öte yandan araştırmacılara göre, elimizde, “hayatta olmaya” dair tanımlamalarımızı yeniden yapılandırmamıza yetecek kadar delil var.

Projenin asistanlarindan Caetano’-Anollés’in Discovery News’e aktardığına göre; virüsler canlıdırlar. Ve yalnızca bizden biraz farklı ve atipik bir yaşamları var. Tamamen bağımsız değiller. Aksine, vücudumuzun içine girip çıkarak, kaynaklarımızı çalıyorlar ve üremeye devam ediyorlar. Kısacası, yaşamı ve yaşamla ilgili eylemleri tanımlama biçimimizi daha kapsayıcı bir hale getirmeliyiz.


Kaynak: Bilimfili

Çalışma Referansı: Arshan Nasir and Gustavo Caetano-Anollés. A phylogenomic data-driven exploration of viral origins and evolution. Science Advances, September 2015 DOI: 10.1126/sciadv.1500527