İnsan kök hücre DNA’sı ilk kez programlandı

DNA’mız genetik bilgimizin tamamını içinde saklıyor ve epigenetik değişimlerde aç-kapa mekanizmaları çalışıyor. Örneğin DNA nükleotitlerinin üzerine küçük metil moleküllerinin bağlanmasıyla genlerin protein sentezi mekanizmaları düzenleniyor; ki bu da normal gelişim ve sağlıklı yaşam için olmazsa olmazdır. Belli genlerin metilasyonu sağlık için potansiyel tehdit olmakla birlikte, çevresel etmenlerden de çok yakından etkilenmektedir. Ne var ki, metilasyon gibi tüm bu epigenetik bilgiler ve etkiler, kök hücrelerdeki bilginin gelecek nesile sağlıklı aktarımını sağlamak üzere silinmiştir.

Epigenetik bilgi ve işlem genlerimizi düzenlemede etkili, ancak herhangi bir anormal metilasyon aktivitesi bir sonraki jenerasyonda gelişim bozuklukluklarına sebep olurken, nesiller geçtikçe de zararlar birikmeye başlıyor. Bu sebeple her yeni yavruda kök hücreler embriyo düzeyinde sıfırlanarak epigenetik bilgiler temizleniyor.

Yumurta sperm tarafından döllendiğinde hücre kümesi olan blastosit’e dönüşecek şekilde bölünmeye başlar. Blastosit’in içerisinde bazı hücreler ana yapılarına dönerek kök hücrelere dönüşür. Kök hücreler de vücudun tüm hücrelerine dönüşebilecek, en temel hücreler olarak varlığını sürdürürler.

Bu kök hücrelerin içinden sperm ve yumurta (seks hücreleri)’ne dönüşecek olan, primordiyal kök hücreleri üzerinde epigenetik bilgi, embriyonun ilk iki haftalık sürecinden dokuz haftalık olana kadar ki zaman içerisinde yeniden programlandı. Mevcut çalışmada, epigenom programını düzenleyen ve koruyan enzimlerin engellenmesi ile DNA’nın metilasyon paternlerinin durdurulması işlemi gerçekleştirildi.

Araştırmadaki bulgulara göre, DNA’mızın yüzde 5’i yeniden programlamaya uygun değil. Sinir hücrelerinde bu ‘kaçak’ bölgelerin bazılarının aktif olduğu, ve gelişimde çok etkili roller aldığı biliniyor.Bunun tersine, veri analizleri şizofreni, metabolik rahatsızlıklar veya obezite gibi hastalıkların da bu DNA parçalarından temellenebileceğini ortaya koyuyor.

Araştırma ile elde edilen bulgular genom’umuzun içinde saklı olan potansiyel epigenetik etkisi olan bölgeler hakkında ciddi bilgiler sağlıyor. Farelerde aynı olan bu etken bölgeler de yakın gelecekte daha detaylı araştırmaların önünü açacak gibi görünüyor.

Bakteri ve bitki DNA’larından vücudumuza giren parçaları, DNA’mızın yaklaşık yarısını oluşturan ‘kara madde’ler gibi etkileri bilinmeyen retroelementlerin yeniden programlanmasını da sağlayabilir. Bu parçalar, evrimi yürütüyor ve çok faydalı olabiliyor. Öte yandan bazı retroelementler DNA’mızın üzerinde genlerin olduğu kısımlara eklemlenerek olağan gen ekspresyonu süreçlerini bozarak, zararlı etkiler üretebiliyor. Bu sebeple vücudumuz da epigenetik bir etkisi olan metilasyon mekanizmalarını geliştirmiştir.

Metilasyon potansiyel olarak zararlı olan retroelementleri kontrol etmekte çok etkili bir mekanizma. Metilasyon kök hücrelerde kalktığı zaman savunmamızın ilk hattını da kaybetmiş oluyoruz.

Aslında bu araştırma ile evrimsel tarihimizin yakın zamanlarında genom’umuzun içine giren retroelementlerin gözden kaçmış olanları tespit edildi ve metilasyon paternleri korundu. Buradan yapılan çıkarımlara göre,  retroelementler vücudumuzun savunma mekanizması içerisinde epigenetik etkiler ile evrimsel zararların önüne geçiyor.

 


Referans :

  1. Bilimfili,
  2. Walfred W.C. Tang, Sabine Dietmann, Naoko Irie, Harry G. Leitch, Vasileios I. Floros, Charles R. Bradshaw, Jamie A. Hackett, Patrick F. Chinnery, M. Azim Surani. A Unique Gene Regulatory Network Resets the Human Germline Epigenome for Development. Cell, 2015; 161 (6): 1453 DOI: 10.1016/j.cell.2015.04.053

Fosfen Fenomeni: Işık Olmadan Işığı Görmek

Fosfen olarak bilinen fenomen, dış ışık uyaranları olmadığında bile parlak ışıltılar veya ışık parlamaları görme deneyimini ifade eder. Genellikle karanlıkta otururken, gözleri sıkıca kapatırken veya gözlere baskı uygularken yaşanan fosfenler, görsel sistemdeki sinirsel aktivitenin büyüleyici tezahürleridir. Fosfen terimi, Yunanca phōs (ışık) ve phainein (göstermek) kelimelerinden türetilmiştir ve “görünen ışık”ın özünü yansıtır.


Fosfenler Nasıl Oluşur

Fosfenler öncelikle retina ve görsel sistem içindeki fotoreseptörlerin veya sinir yollarının mekanik, elektriksel veya manyetik uyarılması sonucu oluşur. Görsel bilgi normal koşullarda ışığın retinadaki fotoreseptörleri aktive etmesiyle işlenirken, fosfenler bu tür dış ışık uyaranları olmadığında ortaya çıkar. Bunun yerine, ışığa olan ihtiyacı atlayarak görsel sistemin doğrudan uyarılmasıyla ortaya çıkarlar.

Fosfen Oluşum Mekanizmaları

Mekanik Uyarım:

    • Retina veya çevresindeki dokular, gözlere sürtme veya bastırma gibi mekanik olarak uyarıldığında, fotoreseptörler aktive olur. Bu uyarım, beynin ışık olarak yorumladığı sinyalleri tetikler.
    • Örneğin, gözleri sıkıca kapattıktan veya ovuşturduktan sonra görülen ışıltılı ışıklar veya flaşlar, retina üzerindeki mekanik basınçtan kaynaklanır.

    Kas Kasılması ve Basınç Değişiklikleri:

      • Hapşırma, öksürme, gülme veya hatta burnunuzu sümkürme gibi aktiviteler fosfenlere yol açabilir. Bu eylemler, göz içi veya kafa içi basıncında geçici değişikliklere neden olarak görsel yolları dolaylı olarak uyarabilir.
      • Aniden kan basıncında düşüşler, örneğin hızla ayağa kalkmak, retinaya ve beyne giden kan akışının azalması sonucu fosfenleri tetikleyebilir.

      Elektriksel Uyarım:

        • Fosfenler, retinanın veya optik sinirin doğrudan elektriksel uyarımı yoluyla yapay olarak indüklenebilir. Örneğin, kör bireylerde görmeyi geri kazandırmak için tasarlanmış belirli nöroprotez cihazlarda, görsel korteksi aktive etmek için elektrik sinyalleri kullanılır ve yapay görsel girdi olarak fosfenler üretilir.

        Manyetik Uyarım:

          • Manyetik alanlardaki hızlı değişiklikler retinayı veya görsel korteksi uyarabilir. Örneğin, uzaydaki astronotlar yörüngedeyken kozmik ışınlar veya manyetik alan değişiklikleri nedeniyle fosfenler gördüklerini bildirmişlerdir.

          Yaygın Senaryolar ve Örnekler

          Fosfenler çeşitli günlük senaryolarda ve benzersiz ortamlarda ortaya çıkar:

          • Gözleri Sıkıca Kapatma: Gözlerinizi sıkıca kapattığınızda görülen kısa flaşlar veya desenler mekanik uyarımın klasik bir örneğidir.
          • Gözleri Ovuşturma: Kapalı gözlerin nazikçe veya sertçe ovulması, retina hücrelerinin mekanik aktivasyonu nedeniyle dönen ışıklar veya renkli şekiller oluşturur.
          • Ani Hareketler veya Basınç Değişiklikleri: Hapşırma, gülme veya öksürme sonrasında görülen görsel kıvılcımlar, geçici mekanik veya basınç kaynaklı uyarım nedeniyle oluşur.
          • Astronotlar ve Manyetik Alanlar: Uzayda, manyetik alandaki değişiklikler veya kozmik ışınlara maruz kalma, doğrudan retinayı veya görsel yolları uyararak fosfenlere yol açabilir. Bu fenomen astronotlar tarafından sıklıkla bildirilmiştir.

          Tıbbi ve Bilimsel Bağlamlarda Fosfenler

          Araştırma ve Görme Protezleri:

            • Fosfenler, kör bireyler için görsel protez geliştirmede önemli bir ilgi alanıdır. Araştırmacılar, görsel korteksi veya retinayı elektriksel olarak uyararak yapay görme işlevi gören fosfenler yaratabilirler.

            Elektromanyetik Etkiler:

              • Transkranial manyetik stimülasyon (TMS) veya elektromanyetik alanlara maruz kalmayı içeren deneyler, fosfenlerin görsel korteks etrafındaki manyetik değişikliklerle indüklenebileceğini doğrulamıştır.

              Tanısal ve Nörolojik Önem:

                • Fosfenler bazen migren auraları veya retina dekolmanı gibi görsel sistemi veya beyni etkileyen durumlarla ilişkilendirilir. Fosfenlerin varlığı ve özellikleri bu gibi durumlarda tanısal ipuçları sağlayabilir.

                Genişletilmiş İçgörüler

                Fosfenlerin incelenmesi, sinirbilim ve oftalmolojiden uzay tıbbına kadar birçok bilimsel alanı birbirine bağlar. Bu ışıklı hisler, beynin, harici duyusal girdinin olmadığı durumlarda bile, sinir sinyallerini işleme ve yorumlama konusundaki karmaşık yeteneğini vurgular.


                Keşif

                Antik Gözlemler

                Antik Yunan (~MÖ 400):

                  • Demokritos ve Aristoteles gibi filozoflar, dış ışıkla ilgisi olmayan görsel deneyimler hakkında spekülasyonlarda bulundular. Aristoteles, kapalı gözlere bastırıldığında “parlak noktalar” görme fenomenini, mekanik olarak indüklenen fosfenlerin erken bir anlatımını tanımladı.

                  MS 2. Yüzyıl – Galen:

                    • Romalı bir hekim olan Galen, dış aydınlatma olmadan algılanan ışık hislerini kaydetti ve bunların sinirsel kökenleri hakkında spekülasyonlarda bulundu.

                    Orta Çağ ve Rönesans Gözlemleri

                    10. Yüzyıl – İbn-i Heysem:

                      • İbn-i Heysem, Optik Kitabı adlı eserinde ışığın davranışını ve görsel algıyı ele aldı. Göze bastırmanın ışık benzeri hisler ürettiğini öne sürerek, görmede içsel uyarımın rolünü vurguladı.

                      17. Yüzyıl – Johannes Kepler (1604):

                        • Kepler, göz üzerine yaptığı çalışmalarda fosforları retina mekaniğiyle ilişkilendirdi. Göze uygulanan basıncın ışık hisleri yaratabileceğini fark etti.

                        Erken Modern Dönem

                        1664 – Thomas Willis:

                          • Willis, Cerebri Anatome adlı eserinde görsel yollar da dahil olmak üzere beyin ve sinir sistemi hakkında ayrıntılı bir açıklama yaptı. Fosfenleri optik sinir ve retinadaki sinirsel aktiviteyle ilişkilendirdi.

                          1800 – Sir Isaac Newton:

                            • Newton, fosforlarla ilgili kişisel deneylerini anlatarak, göze uygulanan basıncın renkler ve desenler üretebileceğini belirtti. Bu etkileri retinanın mekanik uyarımıyla ilişkilendirdi.

                            19. Yüzyıl

                            1820 – Jan Purkyně:

                              • Purkyně, dış basıncın retina üzerindeki etkilerini inceledi ve fosfenlerin desenlerini belirledi. Çalışmaları, bunların mekanik kökenlerine ilişkin anlayışı genişletti.

                              1860 – Hermann von Helmholtz:

                                • Helmholtz, Handbuch der Physiologischen Optik adlı eserinde, fosfenlerin ilk kapsamlı açıklamalarından birini sundu. Retinanın ve optik sinirin mekanik, elektriksel ve kimyasal uyarımı yoluyla bunların üretimini tanımladı.

                                20. Yüzyıl

                                1929 – Hans Berger:

                                  • Berger, elektroensefalografiyi (EEG) geliştirirken, beynin elektriksel uyarımının fosfenleri indükleyebileceğini keşfetti. Bu bulgu, görsel fenomenleri anlamak için yeni yollar açtı.

                                  1950’ler – NASA ve Astronot Raporları:

                                    • Yörüngedeki astronotlar, kozmik ışınlar ve manyetik alan değişiklikleri nedeniyle oluşan ışık parlamalarını (fosfenler) bildirmeye başladılar; bu fenomen daha sonra bilimsel çalışmalarla doğrulandı.

                                    1960 – Brindley ve Lewin:

                                      • Çığır açan deneylerde, Brindley ve Lewin, görsel korteksin doğrudan elektriksel uyarımı yoluyla fosfenleri indükleyerek yapay görme yaratma olasılığını gösterdiler.

                                      1970’ler – Görsel Protez Araştırmaları:

                                        • Sinir mühendisliğindeki gelişmeler, görme engelli bireylere temel görsel algıyı geri kazandıran protez cihazlar geliştirmek için fosfenlerden yararlandı.

                                        21. Yüzyıl

                                        2000’ler – Fonksiyonel Görüntüleme ve Elektromanyetik Çalışmalar:

                                          • Araştırmacılar, fosfenlerin sinirsel ilişkilerini incelemek için fMRI ve TMS (transkraniyal manyetik stimülasyon) kullandılar ve algıları sırasında aktive olan belirli beyin bölgelerini belirlediler.

                                          2010’lar – Kök Hücre ve Organoid Araştırması:

                                            • Retinal organoidlerin geliştirilmesi, bilim insanlarının kontrollü koşullar altında fosfen oluşumunun sinirsel temelini simüle etmelerine ve incelemelerine olanak sağladı.

                                            Günümüz:

                                              • Fosfenler, sinirbilim, nöroprotez ve uzay tıbbında görsel algının temel mekanizmalarına ilişkin içgörüler sunan kritik bir araştırma alanı olmaya devam ediyor.

                                              İleri Okuma
                                              1. Kepler, J. (1604). Ad Vitellionem Paralipomena Quibus Astronomiae Pars Optica Traditur. Frankfurt: Claudius Marnius.
                                              2. Lindberg, D. C. (1976). Theories of Vision from Al-Kindi to Kepler. Chicago: University of Chicago Press.
                                              3. Rosen, E. (1965). Kepler’s Somnium: The Dream, or Posthumous Work on Lunar Astronomy. Madison: University of Wisconsin Press.
                                              4. Crombie, A. C. (1994). Styles of Scientific Thinking in the European Tradition: The History of Argument and Explanation Especially in the Mathematical and Biomedical Sciences and Arts. London: Duckworth.
                                              5. Smith, A. M. (1996). Ptolemy’s Theory of Visual Perception: An English Translation of the Optics. Philadelphia: American Philosophical Society.
                                              6. Sabra, A. I. (1981). Theories of Light from Descartes to Newton. Cambridge: Cambridge University Press.
                                              7. Barker, P., & Goldstein, B. R. (2001). “Realism and Instrumentalism in Sixteenth-Century Astronomy: A Reappraisal of the Role of Kepler.Perspectives on Science, 9(3), 232–258.
                                              8. Palmieri, P. (2009). “Kepler’s Optics Without Hypotheses.Archive for History of Exact Sciences, 63(2), 223–251.

                                              Parmaklarınızı Çıtlattığınızda Neler Oluyor?

                                              Bilim insanları sonunda parmaklarınızı çıtlattığınızda tam olarak ne olduğunu ortaya çıkardılar.

                                              Uluslararası bir bilim ekibi; MRI görüntüleme tekniğini kullanarak parmak çıtlatması sırasında karakteristik bir sesin ortaya çıkmasına sebep olan şeyi tanımladılar. Gözlemledikleri ise eklem içerisinde bir boşluğun oluşmasıydı.

                                              University of Alberta ‘dan profesör Greg Kawchuk:

                                              “Araştırmayı; “parmağımı çek çalışması” olarak isimlendiriyoruz ve aslında birisinin parmağını çekiyor, o esnada da MRI ‘de neler olduğunu kaydediyoruz. Bunu yaptığınızda aslında eklemler içerisinde tam olarak neler olduğunu açık bir şekilde görebilirsiniz” diyor.

                                              Bilim insanlarının parmak çıtlatma sırasında ortaya çıkan sese neyin sebep olduğu tartışması 1947’ye kadar uzanıyor. İngiltereli araştırmacılar bu durumu gaz baloncuklarının oluşması olarak teorize etmişlerdi.1970’lerde ise bir başka araştırma ekibi; sesin arkasındaki sebebi, baloncukların patlaması olarak tanımladı.

                                              parmak-çitlatma-bilimfilicom
                                              Sağdaki MRI görüntüsü parmak çıtlatma esnasında eklem arasında oluşan boşluğu gösteriyor.

                                              Ve nihayet; bu yeni araştırmada kullanılan MRI video yöntemiyle 310 milisaniyeden daha kısa süredegerçekleşen her çıtlatmanın gerçek zamanlı kayıtları toplandı. Çıtlama ve eklem ayrışmasının; kaygan bir madde olan ve eklemlerin “yağlı” kalmasını sağlayan eklem sıvısıyla birlikte hızlı bir şekilde gaz dolu boşlukların oluşmasıyla bağlantılı olduğu görüldü.

                                              Durumu bir tür küçük vakum oluşmasına benzeten Kawchuk:

                                              “Eklem yüzeyleri aniden ayrıldıkça, artan eklem hacmini doldurabilecek yeterlikte sıvı bulunmuyor, dolayısıyla da bir boşluk oluşuyor ve bu olay da sesin ortaya çıkmasına sebep olan şey” diyor.

                                              Öte yandan, bilimciler parmakları çıtlatma sırasında uygulanan kuvvetin miktarını hesapladılar ve çıtlatma sırasında ortaya çıkan enerjinin sert yüzeylere zarar verebilecek yeterlilikte olduğunu söylüyorlar.

                                              Bununla birlikte, araştırma; parmak çıtlatmanın uzun vadede bir zarara yol açmadığını gösteriyor.


                                              Araştırmanın Orijinal Hali İçin: Gregory N. Kawchuk , Jerome Fryer , Jacob L. Jaremko , Hongbo Zeng , Lindsay Rowe, Richard Thompson Real-Time Visualization of Joint Cavitation  PLOS ONEPublished: April 15, 2015DOI: 10.1371/journal.pone.0119470
                                              Kaynak:

                                              1. Bilimfili,
                                              2. Chris Pash, “Medical researchers have finally worked out what happens when you crack your finger knuckles”, http://www.businessinsider.com.au/science-has-finally-worked-out-what-happens-when-you-crack-your-finger-knuckles-2015-4

                                              Yaşlanma ve Genetik İlişkisinde Yeni Keşif

                                              University of Georgia’dan bilim insanları, yaşlanma sürecinin enstrümanlarından olan bir hormonun genetik olarak kontrol edildiğini ve yaşlanma ile yaşlanmaya bağlı hastalıkların genetik olarak kontrolünü sağlayan yeni bir mekanizmayı ortaya çıkardı.

                                              Daha önceki çalışmalar bu hormonun kandaki seviyelerinin, zamanla düştüğünü gösteriyordu. GDF11 (growth differentiation factor 11) olarak bilinen hormonun yeniden artırılması ise kardiyovasküler yaşlanmayı tersine çevirebiliyor ve de kas ve beyinde yeniden gençleşmeyi uyarabiliyor. Bu hormonun seviyesindeki düşüşün yaşlanma ve hastalıklarla ilişkisi 2014 yılının en önemli gelişmeleri arasında gösteriliyordu.

                                              Aynı üniversitenin bilimcileri şimdi bu hormonun seviyesinin genetik olduğunu böylelikle yaşlanma süreçlerine dair genomda kodlu yeni bir potansiyel mekanizmayı keşfetmiş oldular.

                                              Devam araştırmalarının, GDF seviyelerinin hangi sebep veya sebeplerle düştüğünü, hastalıklardan da korunmayı sağlamak amacıyla neden seviyelerinin sabit tutulamadığını anlamaya odaklanacağı düşünülüyor.

                                              Araştırmanın baş yazarı yardımcı doçent Rob Pazdro’ya göre; GDF11 seviyelerinin genetik kontrol altında olduğunu keşfetmek ciddi bir önem taşıyor çünkü buradan yola çıkılarak GDF11 seviyelerinden sorumlu genleri tespit edebilir hatta yaşla geçirdiği değişimleri inceleyebileceğiz.

                                              Araştırma ile, GDF11 seviyesinin zamanla azaldığını gösteren daha önceki çalışmalar doğrulanmış ve bu düşüşün orta yaşlardan başlayarak devam ettiği gösterilmiş oldu. Buna ek olarak araştırmada farklı genetiğe sahip 22 ayrı fare soyunun yaşam sürelerine bakarak, GDF11 ile yaşlanma belirteçleri (biyoişaretleri) arasındaki ilişki incelendi. Sonuçlar, en yüksek GDF11 seviyesine sahip olan farelerin daha uzun yaşama eğiliminde olduklarını gösteriyor.

                                              Gen haritası çıkarılan hayvanlardan elde edilen bilgilere göre, Pazdro’nun ekibi; orta yaşlarda kandaki GDF11 seviyelerine etki eden (dolaylı veya direkt) yedi ayrı gen olduğunu öne sürüyor. Bu verilere dayanarak, kandaki GDF11 seviyesinin bir bakıma genetik olduğu ilk kez bir araştırmayla gösterilmiş oldu.

                                              Pazdro, konu ile ilgili yaptığı açıklamada; yaşlanma/genetik bulmacasının kayıp parçalarından birisini bulduklarını öne sürdü. Daha genel olarak da, yaşlanmayı , neden yaşlandığımızı ve hangi yollarla bunun gerçekleştiğini öğrenmeye dair önemli bir adım atmış olduklarını vurguladı.

                                              Araştırma tüm detayları ile “Circulating Concentrations of Growth Differentiation Factor 11 are heritable and correlate with life span,” orijinal başlığı ile geçtiğimiz ay Journals of Gerontology Series A Biological Sciences and Medical Sciences dergisinde yayımlandı.


                                              Kaynak :

                                              1. Bilimfili,
                                              2. Yang Zhou, Zixuan Jiang, Elizabeth C. Harris, Jaxk Reeves, Xianyan Chen, Robert Pazdro. Circulating Concentrations of Growth Differentiation Factor 11 Are Heritable and Correlate With Life Span.The Journals of Gerontology Series A: Biological Sciences and Medical Sciences, 2016; glv308 DOI: 10.1093/gerona/glv308