Virüsler Canlılar ve Modern Hücrelerden Daha Yaşlılar!

Virüsler, yaşamımız üzerinde büyük etkiye sahiptir ve çeşitli hastalıklara sebep olan virüslerden kendimizi nasıl korumamız gerektiğine dair büyük atılımlar içeren çalışmalar yapıyoruz. Fakat bilim insanlarının uzun süredir doğrulamaya çalıştıkları bir şey var; virüsler canlı mı değil mi? Çünkü virüsler ev sahibi (host) bir hücre olmadan hayatta kalamaz ve çoğalamazlar, bunun yanı sıra genlerindeki çok hızlı bir değişimlerden kaynaklı bilim insanları virüslerin ne zaman ve nasıl evrimleştikleri üzerine çalışma yürütemediler.

Fakat yeni yapılan bir çalışma ile ABD’den araştırmacılar; virüslerle ilgili ilk yaşam ağacını tamamlamayı başardılar. Ve bu çalışma; virüslerin yalnızca canlı olduklarını göstermekle kalmıyor, onların çok çok geçmişten beri var olduklarını ve hücrelerle birlikte çok uzun bir evrimsel geçmişe sahip olduklarını ortaya koyuyor. Ve görünen o ki; virüsler artık hayat ağacında bir yeri hak ediyorlar.

Virüslerin benzersiz yaşam döngüleri bilim insanları için hep kafa karıştırıcı bir sorun olarak kalmıştı. Daha da özele indirgersek; aslında virüsler; besinleri metabolize edemezler ve kendi DNA ve RNA ‘larını kopyalamak için gerekli olan proteinlere sahip değildirler, bunun yerine diğer canlıları istila ederek onların proteinlerini bu işlem için kullanırlar. Bu da bazı bilim insanlarını; virüslerin diğer canlı hücrelerden alınan protein paketli DNA ve RNA’nın cansız iplikçikleri olduğunu tartışmaya götürdü.

Her şeyi daha da karmaşık hale getiren ise; Ebola‘nın da dahil olduğu bazı virüsler oldukça az sayıda gene sahipler (Ebola; tamamı ölümcül hasara sebep olan 7 gene sahip). Öte yandan diğer virüsler –örneğin yeni keşfedilen dev virüsler gibi– bakteriden daha fazla gene sahipler.

Çok farklı tipteki bu virüslerin nasıl evrimleştiğini ortaya çıkarmak için birçok adım atıldı, fakat her konakta birçok defa kendilerini –genetik olarak– kopyaladıkları için, genleri hızlı bir mutasyona uğruyor ve çoğunlukla da konak hücrenin genleriyle karışıyor. Dolayısıyla da bu görev biraz imkansız bir hal alıyor.

Bu yeni çalışma ise bu fikirden vazgeçti ve bunun yerine proteinlere karmaşık, 3 boyutlu yapısını veren yapılar olan protein “kıvrımları” olarak isimlendirilen şeye odaklandı. Bu kıvrımların; viral genleri değiştirme olasılıkları çok daha azdır, çünkü kıvrımlar  onların değişimlerini başlatan koda dair bir genetik dizilimleri olsa bile yapılarını koruyorlar.

5080 organizma ve 3460 virüsteki kıvrımların analizlenmesi neticesinde, araştırmacılar; virüslerin ve modern hücrelerin 442 protein kıvrımının ortak olduğunu ve yalnızca kıvrımlardan yalnızca 66’sının sadece virüslere özgü olduğu bulgusuna ulaştılar. Fakat, bu 66 kıvrım hücrelerde hiçbir benzerlik taşımıyor ve bu durum da virüslerin bütün genetik materyallerini konak hücrelerden aldıkları hipotezi ile çelişiyor.

Bu bilgi onların kabaca bir hayat ağacı oluşturmalarına olanak sağladı ve böylelikle virüslerin modern zamanlardaki hücrelerle ortak atalardan geldiklerini ama daha eski olduklarını gösterdi. Science Andvances’deki araştırmacılara göre; virüsler birçok antik hücreden evrimleşmişlerdir ve modern hücrelerin atalarıyla aynı anda bulunmuşlardır.

Tabi ki, bu durum, virüslerin birden bire bizim bildiğimiz yaşam tanımına tam olarak uyduklarını göstermez. Öte yandan araştırmacılara göre, elimizde, “hayatta olmaya” dair tanımlamalarımızı yeniden yapılandırmamıza yetecek kadar delil var.

Projenin asistanlarindan Caetano’-Anollés’in Discovery News’e aktardığına göre; virüsler canlıdırlar. Ve yalnızca bizden biraz farklı ve atipik bir yaşamları var. Tamamen bağımsız değiller. Aksine, vücudumuzun içine girip çıkarak, kaynaklarımızı çalıyorlar ve üremeye devam ediyorlar. Kısacası, yaşamı ve yaşamla ilgili eylemleri tanımlama biçimimizi daha kapsayıcı bir hale getirmeliyiz.


Kaynak: Bilimfili

Çalışma Referansı: Arshan Nasir and Gustavo Caetano-Anollés. A phylogenomic data-driven exploration of viral origins and evolution. Science Advances, September 2015 DOI: 10.1126/sciadv.1500527

Bağırsak Bakterileri Kanserle Mücadelede Önemli Bir Müttefik!

Bağışıklık sisteminin gücünü tümörlerin üzerine salmayı amaçlayan kontrol noktası inhibitörleri (kanserin hayatta kalma numaralarını önleyen ilaçlar), yeni kanser tedavilerinin en etkileyicilerinden biri. Fakat uygulandıkları hastaların çoğu herhangi bir fayda görmüyor. Farelerle yapılan iki yeni çalışma şaşırtıcı bir sebep ortaya koyuyor: Bu insanların bağırsaklarındaki mikrop karışımı doğru olmayabilir. İki çalışma da bağırsak mikrobiyomunun niteliğinin kanser immünoterapilerinde belirleyici olduğunu gösteriyor.
Bu çalışmalar kontrol noktası inhibitörlerinin etkisinin bağırsaklarımızdaki canlılarla bağlantısını göstermek konusunda ilk. Bağışık hücreler, doku hücrelerine saldırıları yavaşlatmak için aktivitesini azaltan reseptörler taşıyor. Fakat tümör hücreleri bu reseptörleri uyararak bağışıklık sisteminin kendilerine saldırmasını önleyebilir. Nivomulab, pembrolizumab ve 2011’den beri piyasada olan ipilimumab gibi kontrol noktası inhibitörleri tümör hücrelerinin reseptörleri uyarmasını engelliyor.
Yapılan yeni çalışmalar doktorların bu ilaçları kullanma şeklini değiştirebilir. Bethesda, Maryland’deki Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalık Enstitüsü’nden Yasmine Belkaid’in düşünceleri şöyle:
“İki makale de mikropların tedavilerde etkili olabileceğini ikna edici biçimde gösteriyor.”
Kuzey Carolina Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden moleküler biyolog Scott Bultman, eski tedavi yöntemlerini şöyle açıklıyor:
“Hastada bir kontrol noktası inhibitörü işe yaramıyorsa, araştırmacılar genellikle hastanın genomunda bunu açıklayacak bir mutasyon arardı. Yeni sonuçlar cesaret verici, çünkü bağırsak mikrobiyotlarınızı değiştirmek genomunuzu değiştirmekten daha kolay.”
Kontrol noktası inhibitörleri tümörleri küçültebilir ve hastaların ömrünü aylarca, hatta bazı durumlarda yıllarca uzatabilir. Buna rağmen hastaların yalnızca küçük bir kısmı gelişme gösteriyor. Örneğin, ipilimumab uygulanan melanoma hastalarının yaklaşık %20’si daha uzun yaşıyor. Araştırmacılar onları kalan %80’den neyin ayırdığını henüz bilmiyor.
İlacın bir yan etkisi, Villejuif’de (Fransa) bulunan Gustave Roussy Kanser Kampüsü’nden onkoimmünolog Laurence Zitvogel ve çalışma arkadaşlarının mikrobiyoma yönelmesine sebep oldu. İpilimumab, sıklıkla mikrobiyomumuzun bir kısmının yaşadığı kalın bağırsakta iltihaplanmaya sebep oluyor. Bu yan etki kontrol noktası inhibitörlerinin mikrobiyom ile etkileştiği fikrini veriyor. Araştırmacılar bu ihtimalden yola çıkarak bağırsak bakterileri olmayan farelere yerleştirilmiş tümörlerin büyümesini gözlemledi. Deneyde kullandıkları kontrol noktası inhibitörü hayvanlarda daha güçsüzdü.
Zitvogel ve meslektaşlarının derin analizi mikrobiyomdaki antitümör etkisinden Bacteriodes ve Burkholderia cinsi bakterilerin sorumlu olduğunu öne sürdü. Bu ihtimali doğrulamak için araştırmacılar bakterileri bağırsak mikrobiyomu olmayan farelere transfer etti. Bu iki yolla yapıldı; bakterileri farelere enjekte ederek veya onlara İpilimumab tedavisi uygulanmış hastaların Bacteriodes yönünden zengin dışkılarını vererek. İki durumda da, bakteri sayısındaki artış hayvanların kontrol noktası inhibitörüne tepkisini güçlendirdi. Zitvogel bu konuda şöyle diyor:
“Bağırsaklarımızdaki trilyonlarca bakteri bağışıklık sistemimizi harekete geçirmek için seferber olabilir.”
Chicago Üniversitesi’nden immünolog Thomas Gajewski ve meslektaşları iki farklı tedarikçiden edindikleri farelerdeki uyuşmazlığı fark edince benzer bir sonuca vardı. Melanoma tümörleri Jackson laboratuvarından gelen farelerde, Taconic çiftliklerinden gelenlere kıyasla daha yavaş büyüyordu. Aynı kafeste yaşayan kemirgenlerin mikrobiyomları hayvanlar birbirlerinin dışkılarını yediği için zamanla homojenize oluyor. Araştırmacılar buradan yola çıkarak iki tedarikçiden gelen fareleri aynı kafese koydu. Aynı ortamda yaşam tümör gelişimindeki farkları ortadan kaldırdı.
Araştırmacılar farelerin mikrobiyomlarını analiz ettiklerinde Bifidobacterium adlı bir bakteri cinsi saptadılar. Araştırma takımının bulgularına göre Taconic çiftliklerinden gelen farelere birkaç Bifidobacterium türü içeren bir probiyotik vermek, kontrol noktası inhibitörünün tümörlere karşı verimini artırıyordu. Araştırma yürütüldüğü sırada Chicago Üniversitesi’nde doktora öğrencisi olan ve sonradan makalelerin bir tanesinde ortak yazar olarak görev alan Ayelet Sivan şöyle söylüyor:
“Endojen antitümör tepkisi ortakçı bakterileriniz tarafından gözle görülür biçimde etkilenir.”
İki araştırma grubu da elde ettikleri sonuçlar Science dergisinin internet sitesinde yayınladı. Takımlar farklı bakteri grupları kullandı, fakat bu Florida Üniversitesi Tıp Okulundan Christian Jobin’e göre endişe verici değil. Jobin’in yorumu şöyle:
“İlaçlar farklı, bakteriler farklı, ama varılan nokta aynı. Yeni çalışmalar 2013’te yapılan ve kemoterapinin ne kadar iyi işlediğine mikrobiyomun etkisini gösteren bir çift çalışmayı tamamlayıcı nitelikte.”
Johns Hopkins Tıp Okulundan Cynthia Sears’a göre bu keşif terapileri geliştirmek için yeni yollar açabilir. Örneğin, bir hastanın antitümör tepkisini probiyotikler yardımıyla güçlendirmek mümkün olabilir. Fakat araştırmacıların karşısında muhtemel engeller de var. Zitvogel’in belirttiği üzere, Avrupa ve ABD’deki düzenleyici kuruluşlar kanser hastalarında probiyotik kullanımını onaylamadı. Ayrıca mikropların bağışıklık tepkisini güçlendirme mekanizması açıklığa kavuşmuş değil; bağırsak bakterileri bağışıklık sisteminin gelişiminde ahahtar rol oynuyor, ama araştırmacılar erişkin hayvanlarda fonksiyonunu nasıl değiştirdiğinden emin değil. Bilim insanları mikrobiyomu nasıl değiştirebileceklerini daha yeni öğreniyor. Sears’ın bu konuda görüşleri şöyle:
“Mikrobiyotları işe yarar biçimde yönlendirip sağlığa faydalı etkiler oluşturabileceğimiz şu an için kesin değil.”
Araştırmacılar her şeye rağmen kansere karşı savaşta güçlü müttefiklerimiz olduğunu belirtiyor.
Düzenleyen: Osman Öztürk (Evrim Ağacı)
Kaynak:
  1. Science
  2. Marie Vétizou, Jonathan M. Pitt, Romain Daillère, Patricia Lepage, Nadine Waldschmitt5, Caroline Flament, Sylvie Rusakiewicz, Bertrand Routy, Maria P. Roberti, Connie P. M. Duong, Vichnou Poirier-Colame, Antoine Roux, Sonia Becharef, Silvia Formenti, Marie Vétizou, Anticancer immunotherapy by CTLA-4 blockade relies on the gut microbiota Science 27 November 2015:  Vol. 350 no. 6264 pp. 1079-1084   DOI: 10.1126/science.aad1329
  3. Ayelet Sivan1, Leticia Corrales, Nathaniel Hubert, Jason B. Williams, Keston Aquino-Michaels, Zachary M. Earley, Franco W. Benyamin, Yuk Man Lei, Bana Jabri, Maria-Luisa Alegre, Eugene B. Chang, Thomas F. Gajewski Commensal Bifidobacterium promotes antitumor immunity and facilitates anti–PD-L1 efficacy  Science 27 November 2015:  Vol. 350 no. 6264 pp. 1084-1089  DOI: 10.1126/science.aac4255

İnsanlar, basit mikroorganizmalardan geçmiş 100 den fazla geni barındırıyorlar!

Aslında tam olarak insan değiliz. Bunu hücrelerimizin genetik materyallerine bakarak söyleyebiliyoruz. Sen, ben- ve herkes- bakterilerden, diğer tek hücreli organizmalardan, ve virüslerden insan genomuna yerleşmiş 145 gene kadar taşıyabiliyoruz. Bu veriler yeni bir araştırmanın sonucu olarak açıklandı. Evrim tarihi boyunca, diğer canlılardan gelen genler, hayvan hücrelerinin bir parçası olmuş durumda.

Bu sonuç aslında gösteriyor ki, yaşam ağacı mükemmel dalları olan basmakalıp bir ağaç değil. Makalenin yazarı,Cambridge Üniversitesinden, Alastair Crisp’e göre ‘’ Bu daha çok Amazon ormanlarındaki kökleri birbirine geçmiş ağaçlara benziyor.’’

Bilim insanları, genetik bilginin ebeveynlerden yavruya geçen bir kalıtsallık dışında, bakteriler ve buna benzer basit ökaryotlarda organizmalar arasında da yatay gen transferi olarak adlandırılan süreçle aktarılabildiğini biliyorlardı. Fakat, genlerin bakterilerden daha kompleks yapılar olarak adlandırabileceğimiz canlılara örneğin primatlara aktarılması bilim dünyasında oldukça tartışmalı bir konu. Önermelere göre, hayvan hücreleri de yabancı genetik materyallere adapte olabilirler, bu materyaller küçük DNA parçaları ya da hücrelerin içerisine virüslerle taşınanlar olabilir.

Crisp ve çalışma grubu, meyve sinekleri ve yuvarlak solucanlardan zebra balığına, gorillerden insanlara kadar 40 farklı hayvan türünün genom dizilimini analiz ettiler. Genomlardaki her bir geni hali hazırda var olan gen veritabanıyla karşılaştıran bilim insanları eşleşmeleri bulmaya çalıştılar.

Genome Biology’de yayınlanan çalışmaya göre bakteri, archaea, fungi gibi mikroorganizmalardan ve bitkilerden hayvanlara yüzlerce gen transferi olduğu anlaşıldı. İnsan özelinde değerlendirecek olursak, araştırmanın bulgularına göre daha basit organizmardan insanlara geçtiği anlaşılan ve daha öncelerde yatay gen transferi olarak değerlendirilen 17 genin de içinde olduğu 145 gen bulundu. Makalede bu genlerin nasıl geçtiğiyle ilgili bir bilgi ise bulunmuyor.


Referans:

  1. Bilimfili,
  2. ScienceMag,
  3. Alastair Crisp1†, Chiara Boschetti1†, Malcolm Perry123, Alan Tunnacliffe1* and Gos Micklem23* Expression of multiple horizontally acquired genes is a hallmark of both vertebrate and invertebrate genomes  Genome Biology 2015, 16:50 doi:10.1186/s13059-015-0607-3

Sibirya’da Keşfedilen Donmuş Virüs Uyandırılıyor

Bilim insanları, Sibirya’da donmuş bir virüsü uyandırıyor. 30.000 yıl sonra… geri döndü.

Fransalı araştırmacılar, Sibirya’nın kuzey doğusundaki donmuş bölgenin derinliklerinde keşfettikleri 30.000 yaşındaki tarih öncesi bir virüsü tekrar canlandıracaklarını duyurdular.

“Sibirya’dan gelen yumuşak virüs” anlamına gelen Mollivirus sibericum, bu yüzyılda keşfedilmiş böyle dördüncü ‘dev virüs’. Aynı ekip geçen sene Pithovirus sibericum adında bundan bir tane daha keşfetti ve Mollivirus sibericum da kutuplardaki aynı donmuş toprak örneğinde yalıtılmış haldeydi.

Bu tarih öncesi virüsler ‘dev virüsler‘ olarak adlandırılıyor çünkü yarım mikrondan daha büyük boyutlarıyla (bir milimetrenin binde biri) ışık mikroskobu (normal mikroskop) altında görülebiliyorlar. Virüsler tükendiği için büyük görünüyorlar.

Eğer bilim insanlarının bu şeyi uyandıracağı fikri kulağa biraz kaygılı geliyorsa (ve dürüst olalım, bu bir salgın hastalık felâketi filminin açılış sahnelerinden pek de farklı değil) endişelenmeyin. Araştırmacılar virüsü sadece hayvanlara veya insanlara bir tehdit olmadığından emin olabilirlerse dirilteceklerini söylüyor.

Fakat bu, gelecekte donmuş tarih öncesi virüslerin tamamen kendi kendilerine çözülmesi ihtimalinden endişe duymamalıyız anlamına gelmiyor. Bilim insanları çalışmalarında şöyle uyarıyor: “İki farklı virüsün tarih öncesi donmuş kutup toprağı katmanlarında bulaşıcılıklarını kaybetmediği gerçeği, küresel ısınma şartlarında endişe konusu olmalıdır.”

Denetimli bir laboratuvar ortamında bir amibe kasıtlı olarak bulaştırmak bir şeydir, fakat dünya ısındıkça donmuş kutup topraklarının erimesiyle (ve madencilik şirketleri, yer altında gizlenmiş mineral tabakalarını kullanmak için yeni, buzlu bölgeleri keşfetmeye önem vermesiyle), kazara tarih öncesi bir virüsü ortaya çıkarmanın tehlikeleri çok gerçektir.

Mikroskobik, genomik, transkriptomik, proteomik ve metagenomik teknolojileri sayesinde bilim insanlar bu yeni virüsün detaylı bir tasvirini ortaya çıkarabiliyor.

Megaviridae (Mimivirüs tarafından temsil ediliyor, 2003’te keşfedildi), Pandoraviridae (2013’te keşfedildi) ve Pitovirüs (2014’te tanımlandı) familyalarından sonra, Acanthamoeba cinsinden amiplere bulaşan dev virüslerin dördüncü familyası, Pitovirüsü yalıtmaktan sorumlu olan araştırma tarafından keşfedildi. Bilim insanları Pitovirüsün bulunduğu Siberya’nın kuzeydoğu ucundaki donmuş toprak örneği çalışmasında muhafaza ederek, yeni virüs Mollivirus sibericum’u yalıtma, güçlendirme ve sonra canlandırmayı başardılar. İlk defa bir virüsü canlandırmak için canlılara uygulanabilen bütün çözümlemeli yöntemler (genomik, transkriptomik, proteomik ve metagenomik) aynı anda kullanıldı.

Virüs kabaca küresel bir şekle sahip, yaklaşık olarak 0.6 μm uzunluğunda ve 500’den fazla protein kodlayan yaklaşık 650.000 baz çifti genomu içeriyor. Bu proteinlerin çoğu, Sibiryalı selefi Pithovirus sibericum’unkilerine hiç benzerlik taşımıyor. Dahası, çoğalmak için hücresel konağının sitoplazmik kaynaklarına ihtiyaç duyan Pitovirüs’ten farklı olarak, Mollivirus sibericum amipte çoğalmak için hücre çekirdeğini kullanıyor ve bu sayede çoğu “küçük” virüs gibi konağa bağımlı oluyor. Bu taktik ve kendi DNA yapı taşlarınının sentezine izin veren belli anahtarlar enzimlerdeki eksiklikler gibi diğer belirli özellikler, Mollivirus sibericum‘un Adenovirus, Papillomavirus veya Herpesvirus gibi insan patojenlerinin de dahil olduğu genel virüs tiplerine daha benzer olduğu anlamına geliyor. Diğer taraftan Pithovirus, şimdi resmî olarak smallpox virüsün kökünü kuruttuğu varsayılan bir familya olan Poxvirus ile sitoplazmada aynı şekilde çoğalıyor. Şekli, çoğalma yöntemi ve metabolizması bakımından Mollivirus sibericum bu yüzden daha önce hiç görülmemiş yeni bir virüs türünü temsil ediyor ve bugüne kadar keşfedilmiş üç dev virüs familyasından farklı.

Dev virüslerin çok nadir olmadığını ve yüksek oranda çeşitli olduğunu öne süren bu keşif, aynı zamanda virüslerin donmuş kutup topraklarında çok uzun dönemler boyunca hayatta kalma yeteneğinin belirli bir virüs cinsiyle sınırlı olmadığını ve muhtemelen çeşitli çoğalma taktiklerine sahip (ve bundan dolayı olasılıkla hastalık yapıcı) virüs familyalarını kapsadığını gösteriyor.

Araştırmacılardan biri olan Jean-Michael Claverie, AFP’ye şunları söyledi: “Muhtemel olarak hastalık yapıcı virüsleri diriltmek için, savunmasız bir konakta hâlâ bulaşıcı olan birkaç virüs taneciği yeterli olabilir. Eğer dikkatli olmazsak ve güvenlik önlemlerini devreye sokmadan bu alanları sanayileştirirsek, kökünün kuruduğunu düşündüğümüz frengi kadar küçük virüsleri bir gün uyandırma tehlikesine neden olabiliriz.”

Diğer dev virüslerin hâlâ donmuş kutup topraklarında gizlenmiş olup olmadığını belirlemek için bilim insanları şimdi Sibirya bölgesinin daha da eski katmanlarını çalışıyorlar ve bir bölgede çalışmak onların bir milyon yıl öncesine gitmelerini sağlayabilir.

Bulgular PNAS dergisinde yayınlandı.


Referans : Bilimfili, Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Couté, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie. In-depth study ofMollivirus sibericum, a new 30,000-y-old giant virus infectingAcanthamoeba. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015; 201510795 DOI: 10.1073/pnas.1510795112

 

Çocuğunun elindeki mikropları sanatsallaştıran mikrobiyolog

Mikrobiyoloji teknisyeni Tasha Sturm, 8 yaşındaki oğlunun elini, mikroorganizmaların yaşaması için üretilmiş besi ortamına basan meraklı anne, bir süre sonra rengarenk bir mikrop sanatı elde etti.

Bakterilerin büyüme safhalarını Microbe World sayfasında açıklayan Sturm, besi ortamı olarak Triptik Soya Agarı (TSA) kullandığını belirtti. Pek çok bakteri ve diğer mikroorganizmaların büyümesi için harika bir besin kaynağı oluşturan agarda (besi yeri), bir süre sonra el şeklinde bir mikrop haritası oluştu.

01

Resimde görülen değişik renklerdeki büyümeler, değişik mikroorganizmaların kolonilerine işaret ediyor. Yer yer daha kadifemsi yapıda beyaz büyümeler görüyoruz, onlar da çeşitli mikromantarların kolonileri. El sınırları dışında bulunan büyük beyaz bir koloni var, o ise büyük ihtimalle baskı alınırken havadan besi ortamına bulaşan bir tür olmalı. Bazı yerlerde aynı mikroorganizmaların kolonilerinden birkaç tane gözlemleyebiliyoruz.

germs-gross-2 (1)

BactÈrie digitale

Yalnız endişelenmeye çok da gerek yok, derimizin dış yüzeyinde böyle bir mikroorganizma çeşitliliğinin olması oldukça doğal. Bağışıklık sistemimizi güçlü tuttuğumuz sürece ve ölümcül hastalıklara sebep olan mikroplara rastlamadığımız varsayılırsa, düzenli olarak ellerimizi yıkamamız pek çok hastalığın önüne geçecektir.

Kaynak: Biyomühendislik

Antibiyotik direnci

 

Sinonim: Antimicrobial resistance (AMR), Superbug, Antibiotikaresistenz

bir mikroorganizmanın antibiyotiklerin etkilerine karşı durabilme yeteneğidir.

Geçirimli Elektron Mikroskobu

Sinonim: aktarımlı elektron mikroskobu,  Transmission Electron Microscope (TEM), Transmissionselektronenmikroskopie (TEM), Transmissionselektronenmikroskop

2.Kullanım alanları

Özellike böbrek biyopsisi sonrası alınan örnekte Glomerulanefrit olup olmadığına bakılır.

Kaynak: https://www.researchgate.net/profile/Kenton_Arkill/publication/260005130/figure/fig1/AS:213975666040840@1428027182986/Structure-of-the-glomerular-filtration-barrierTransmission-electron-microscopy-of-a.png

Hemaglütinasyon önlenimi testi

George Keble Hirst

Sinonimhemagglutinin inhibition test,  hemagglutination assay, haemagglutination assay; HA, hemagglutination inhibition assay (HIHemagglutination assay, Hämagglutinationshemmungstest

1941-1942’de amerikan virolog  George K. Hirst geliştirdiği kantitaif bir testtir.

Bazı virüsler (Ör: Rubella, Kene kaynaklı ensefalit virüsü, Influenza, Myxovirüs v.s.) kuşlar ve memeli hayvanların eritrositlerine bağlanarak aglütinasyonunu sağlar.

Kan serumunda bulunan antikorlar virüsün eritrositlere bağlanma yerini engelleyerek, aglütinasyonu engellenmiş olur. Bu antikorları tespit etmek için Hemaglütinasyon önlenimi testi kullanılır.

 

microtiter tüpleri

  • Kişiden alınan kan serumu microtiter tüplerine inceltme sıralarına göre konulur. Her inceltme sıralamasındaki tüpte farklı miktarda antikor bulunur.
  • Eritrositler tüpte Hemaglütinasyon oluşturamazsa, tüpün dibine çöker ve tortu oluşturur. Eğer Hemaglütinasyon oluşursa eritrositler arasında ağ kurulur ve tortu oluşmaz. Böylelikle hangi tüpten itibaren hemaglütinasyon oluşmadığına bakarak, antikor seviyesi tespit edilir.

 

 

 

Virüs izolasyonu

Sinonim: Virusisolierung (VIS), virus isolation

  • Virüsler zorunlu hücre içi parazitidirler, çoğalmaları konakların enzim donanımını kullanmalarına bağlıdır.
  • Virüsün izolesi için deney havyanı, yumurta kültürü(bu ikisi günümüzde nadir kullanılan yöntemlerdir) veya hücre kültürü gereklidir.
  • Hücre kültüründeki hücre hatları şunlardır.
    • Primer hücre hatları: organizmadan alınan taze dokudan oluşur, çoğalamaz.
    • Sınırlı hücre hatları: Sınırlı bölünme yeteneği olan, ör: insan akciğeri v.s.
    • Sınırsız hücre hatları: Çoğunlukla tümör dokularından oluşur.Ölümsüz hücrelerdir.Ör: HeLA hattı(Boyun kanseri hücreleri), HEP-2-hücreleri(Farinks kanseri hücreleri)
  • Virüs izolasyonu için steril koşullar altında(Laminar flow cabinet) çalışılmalıdır.
  • Hücre hatları tek tabaka kültürü olarak büyür. Hücre hatlarının büyümesi ve devamlılığı için özgül kültür Mediumları gereklidir;
    • Tampon tuz çözeltisi
    • Aminoasitler (essensiyel ve essensiyel olmayan)
    • Glukoz,
    • Vitamin,
    • pH belirteci
    • Antibiyotik
  • Virüsün ve hücrenin tipine göre bir enfeksiyon meydana gelirek sitopatik etki oluşur. Bu etkiyi ışık mikroskobunda hücrelerin değişiminden tespit edilebilir.
  • incelenecek örnek (İdrar, dışkı, beyin sıvısı, kan v.b. ) hücre hattına getirilir ve kuluçkaya bırakılır.
  • Aşılanmış kültür sonraki günlerde ışık mikroskobuyla incelenerek morfolojik değişiklikler kontrol edilir. Sitopatik etkinin ortaya çıkması 1-2 hafta sürebilir.
Kaynak: https://dustinedwards.info/wp-content/uploads/2019/03/Overview-3-Virus-Isolation-1.jpg

Kapsit

Sinonim: Protein kılıf, capsid, Kapsid, Capsid

  • Capsula kelimesinden gelmektedir.
  • virüslerde bir yapı organı. Virüslerde çekirdek ve yaşamsal olaylardan sorumlu sitoplazma olmamasından dolayı, virüslerin yönetici molekülünü (genomunu) oluşturan DNA veya RNA’yı çevreleyerek dış etkilerden korur. Kapsitin ayrıca virüse şeklini verme, virüsün hücreye tutunmasını sağlama (virüslerin hücrelere tutunmasını sağlayan kuyruk uzantıları kapside bağlıdır) ve virüse antijen özelliği kazandırma gibi görevleri vardır.