Panton Valentine Leukocidin (PVL)

Sinonim: PVL, Leukozidin

Hücre zarında delikler açan virülan faktörlerden Leukozidin’in Staphylococcus aureus bakterisinden üretilmiş haline verilen isimdir.

Bu protein, granulocyt ve makrofajlara zarar vererek bir imun kaçışına sebep olur.(Yani patojenler mutasyon ya da kendilerine has özellikler sayesinde imun sisteminde yakalanmadan dolaşabilirler.)

Leukozidinler ilk kez 1894 yılında Belçika’da Louvain Üniversitesi’nin Patoloji ve Deneysel Tıp bölümünde çalışan bir fizikçi olan Dr Honoré Van de Velde tarafından bahis edilmiştir. PVL ise bunun ardından geçen 38 yıl sonra Londra Hastanesinin klinik laboratuvarlarında çalışan Philip Panton ve Francis Valentine tarafından isimlendirilmiştir.

Kinesin

  • ökaryot hücrelerde bulunan bir tür taşıyıcı motor proteindir.
  • Bir maddeyi yürüyüş davranışı sergileyerek iletir. İleteceği maddeyi mikrotübüller üzerinde taşır. Kinesin mikrotübül üzerinde artı uca doğru ilerler. Dinein ise karşıt davranarak eksi uca doğru ilerler.
  • ATP’nin hidrolizi ile enerjisi tedarik edilir.
  • Kinesinin hareketi mitoz, mayoz ve hücre içi taşıma işlemlerinde önemli bir görevi vardır.

Pertactin

Sinonim: pertactin (PRN)

  • Bordetella pertussis‘in yüksek immünojenik virülans faktörüdür.
  • bakterinin hücre zarına bağlı bir proteindir. Soluk borusundaki epitel hücrelere tutunmasını sağlar.

Adenilat siklaz

Bu enzim hücresel sinyal iletim yollarında, özellikle de cAMP’ye bağlı yol üzerinden protein kinaz A’nın (PKA) aktivasyonunda kritik bir rol oynar. Burada adenilat siklazın ayrıntılı bir açıklaması, keşfi, ilgili kilit isimler ve işlevinin ve düzenlenmesinin anlaşılmasına yapılan önemli katkılar yer almaktadır.

Adenilat Siklaz: “Adenilat siklaz” adı, substratı olan adenozin trifosfat (ATP) ve ürünü olan siklik adenozin monofosfattan (cAMP) türetilmiştir. “Siklaz” terimi, enzimin döngüsel bir yapı oluşturma işlevini belirtir.

Keşif

Erken Gözlemler:

Dr. Earl W. Sutherland Jr. ve meslektaşları ilk olarak cAMP’nin karaciğerde ikincil bir haberci olarak rolünü tanımladılar ve epinefrin gibi hormonların cAMP yoluyla glikojenolizi nasıl aktive ettiğini gösterdiler. Bu çığır açan çalışma, cAMP üretiminden sorumlu enzim olarak adenilat siklazın anlaşılmasına yol açtı.

Epinefrin (adrenalin) gibi hormonların karaciğerdeki glikojenin glikoza parçalanmasını uyarabildiğini gözlemlediler. Glikojenoliz olarak bilinen bu sürece, daha önce bilinmeyen ve daha sonra cAMP olarak tanımlanan bir faktörün aracılık ettiği bulundu. Bu önemli keşif, cAMP’nin hücresel sinyal yollarındaki önemini vurgulayarak, üretiminden sorumlu enzim olan adenilat siklazın anlaşılmasına zemin hazırladı.

Enzim Karakterizasyonu:

Sutherland, E.W., Rall, T.W. (1960): Adenilat siklaz aktivitesinin keşfi, enzimin işlevinin anlaşılmasında temel teşkil etmiştir. Adenilat siklazın ATP’yi cAMP’ye dönüştürdüğünü göstererek, ikinci bir haberci olarak cAMP yoluyla hormonal etki mekanizmasını aydınlattılar.

Enzimin özelliklerini ve hormonal uyarıma verdiği yanıtı gösterdiler. Bu, biyokimyada önemli bir ilerlemeye işaret ederek, dış sinyallerin (hormonlar) cAMP üretimi yoluyla iç hücresel tepkileri nasıl tetikleyebileceğini ortaya koydu. Çalışmaları, adenilat siklazın epinefrin ve glukagon gibi hormonlar tarafından aktive edildiğini ve bunun da hücrelerdeki cAMP seviyelerini artırarak çeşitli fizyolojik tepkileri kolaylaştırdığını gösterdi.

Moleküler Anlayışlar:

Salomon, Y., Londos, C., Rodbell, M. (1974): Adenilat siklazın çeşitli hormonların sinyal yollarındaki rolünü detaylandırarak enzimin düzenleyici mekanizmalarını vurguladı.

Adenilat siklazın guanin nükleotidler, katekolaminler ve diğer ajanlar tarafından düzenlenmesini detaylandırdılar. Araştırmaları, adenilat siklaz aktivitesinin farklı moleküller tarafından nasıl modüle edilebileceğini açıklığa kavuşturarak hücresel sinyal yollarındaki rolünün daha iyi anlaşılmasını sağladı. Bu bulgular, adenilat siklaz aktivitesinin kilit düzenleyicileri olan G proteinleri üzerine yapılan sonraki araştırmalar için kritik öneme sahipti.

Yapısal Çalışmalar:

Gilman, A.G. (1984): Adenilat siklazın G proteinleri tarafından düzenlenmesine ilişkin içgörüler sağladı; bu, sinyallerin hücre yüzeyinden içine nasıl iletildiğini anlamak için çok önemliydi.

G proteinlerinin, ilgili G proteininin türüne bağlı olarak adenilat siklazı uyarabildiğini ya da inhibe edebildiğini keşfetti. Bu keşif, adenilat siklazın ikili kontrol mekanizmalarını anlamak için çok önemliydi ve Gilman’a 1994 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü kazandırdı. Çalışmaları, hücre dışından gelen sinyallerin hücre içinde nasıl hassas bir şekilde düzenlenebileceğini ve uygun fizyolojik tepkilerin nasıl sağlanabileceğini gösterdi.

Genetik ve Biyokimyasal Karakterizasyon:

Tang, W.J., Gilman, A.G. (1991): Adenilat siklazın çeşitli izoformlarının klonlanması ve ekspresyonu, çeşitli dokulardaki farklı izoformların çeşitliliğini ve spesifik rollerini vurgulamaktadır.

Adenilat siklaz izoformlarının çeşitliliğini ve farklı dokulardaki spesifik rollerini vurguladılar. Bu araştırma, farklı izoformların seçici olarak nasıl aktive edilebileceği veya inhibe edilebileceği konusunda içgörü sağlayarak hedefe yönelik terapötik müdahaleler için yollar açtı.

2000’ler – Fonksiyonel ve Patolojik Roller:

Cooper, D.M.F. (2003): Adenilat siklaz izoformlarının fizyolojik rollerini ve bunların farklı hücresel süreçler ve hastalık durumlarıyla ilgisini aydınlattı.

Cooper’ın çalışmaları, spesifik adenilat siklaz izoformlarının çeşitli hücresel süreçlerdeki önemini ve hastalık durumlarındaki etkilerini vurgulamıştır. Bu anlayış, kalp hastalığı, nörolojik bozukluklar ve bazı kanserler gibi durumlara yönelik tedavilerin geliştirilmesi için kritik öneme sahiptir.

İleri Okuma

  1. Sutherland, E. W., Rall, T. W. (1960). “The properties of an adenine ribonucleotide produced with cellular particles, ATP, Mg++, and epinephrine or glucagon.” The Journal of Biological Chemistry, 235(9), 2682-2689.
  2. Salomon, Y., Londos, C., Rodbell, M. (1974). “Adenylate Cyclase in Plasma Membranes of Rat Adipocytes. Regulation by Guanine Nucleotides, Catecholamines, and Other Agents.” The Journal of Biological Chemistry, 249(2), 5813-5820.
  3. Gilman, A. G. (1984). “G Proteins and Dual Control of Adenylate Cyclase.” Cell, 36(3), 577-579.
  4. Tang, W. J., Gilman, A. G. (1991). “Type-specific regulation of adenylyl cyclase by G protein beta gamma subunits.” Science, 254(5037), 1500-1503.
  5. Cooper, D. M. F. (2003). “Adenylate cyclases and the interaction between calcium and cAMP signalling.” Nature Reviews Molecular Cell Biology, 4(7), 519-529.

LT enterotoksin

Sinonim: Heat-labile enterotoxin, ısıya duyarlı enterotoksin

  • Escherichia coli ‘de bulunan bir toksindir.
  •  Mikrobiyolojik yayınlarda İngilizce labile toxin (kararsız, ısıya duyarlı toksini)’nin kısaltması olan LT olarak da değinilir.
  • Bu toksin, normalde adenilat siklaz’ı inhibe eden bir G proteinini ADP-ribozlayarak hücredeki cAMP seviyesini yükseltir, bu özelliği ile kolera toksinine benzer.Yüksek cAMP seviyeleri klorür iyonları ve suyun enterositlerden bağırsak içine salgılanmasına neden olur, bunun sonucunda ishal meydana gelir.

Isı stabil enterotoksin

Sinonim:Heat-stable enterotoxins

  • Escherichia coli gibi bazı bakteriler tarafından salgılanan peptitlerdir.
  • Bunlara mikrobiyolojik yayınlarda Stabil Toksin’in kısaltması olan ST olarak da değinilir.
  • Isıya dayanıklı olan bu peptitler 100 °C’da üç boyutlu yapılarını ve etkinliklerini korurlar.

Polimeraz zincir tepkimesi

Sinonim:  polymerase chain reaction (PCR),  Polymerase-Kettenreaktion

PCR yüksek hassaslıkta DNA’nın belirli kısmını çoğaltmaya yarayan in vitro tekniktir.

Thermal cycler

Virüsleri direk tespit etmek için en önemli yöntem virüslerin kalıtım materyalini tespit etmektir. Fakat virüsün genomu küçük bir miktar olduğu için tespit etmek bugünkü teknoloji ile neredeyse imkansızdır. Bu sebeple Genomun belirli kısmı milyon defa çoğaltılır ve SDS-Page sayesinde virüsün varlığını tespit eder.

DNA’da enzim reaksiyonlarını başlatan moleküller olan Primerler, Taq DNA polimeraz enzimleri ve 4 Nükleozit trifosfatla in vitro olarak DNA sentezlemektedir. Reaksiyonlar Thermal cycler adı verilen aletlerin içinde gerçekleşir. Böylelikle reaksiyon sıcaklıklarına müdahale ederek kontrol edilebilir. Reaksiyon 3 döngüden oluşur;

  1. Denatürasyon(erime): Öncelikle çift zincirli DNA 94-96 °C’ye ısıtılarak, DNA zincirlerini tutan hidrojen bağının kırılmasını sağlar. Böylelikle iki tane tek zincirli DNA oluşur.denatürasyon
  2. Primer eşleşmesi: Zincirlerin ayrılmasından sonra sıcaklık 50-60’a düşürülür. Böylelikle Primerler ayrılan zincirlere 3′ ve 5′ uçlarından bağlanır.Adsız
  3. Primer uzaması (uzatma): 68-72°C’da eksik olan zincirler DNA-polimeraz tarafından boşta alan nükleotit  ile tamamlanır. Primerlerin 3′ sonundan başlar ve DNA zincirini takip ederek eşini oluşturur.Adsız

 

 

 

Not: animasyon formatında bu reaksiyonu görebilirsiniz.


 

Bu reaksiyonun yaklaşık 25 defa tekrarlanması sonucu, istenilen Dna diziliminden 33 milyon kopya elde edilir. PCR sayesinde elde edilen milyonlarca kopya DNA dizilimi jel elektroforezi ile tespit edilir.

PCR reaksiyonları için konulan DNA polimeraz DNA’ya bağlı polimerazdır. Eksik zincirin karşısına sentezlenen yeni DNA zinciri sadece DNA tarafından kabul edilir. Fakat birçok virüsün genomu RNA’dır. Eeğer bu tip virüslerin genomları PCR ile çoğaltılmak isteniyorsa, ters transkriptaz kullanılmalıdır. Böylece tamamlayıcı zincir oluşabilir ve istenilen gen dizilimi çoğalabilir.

PCR kalitatif bir testtir. Buna karşın gerçek zamanlı PCR kantitatif bir testtir.

Pulsed-field gel electrophoresis

Sinonim: Pulsed-Field-Gelelektrophorese (PFGE),  Pulsed-Field-Elektrophorese, Darbeli Alan Jel Elektroforezi

Jel matriksin içinde uzun DNA molekülün, manyetik alanının yönünün periyodik olarak değiştirilmesiyle ayrılma işlemidir.Bu yöntem ile DNA’nın uzunluğu, kromozomların büyüklüğü gibi veriler elde edilir.

 

SCCmec

Açılımı :  staphylococcal cassette chromosome mec

  • Staphylococcus bacteri‘sinin mobil genetik elementidir.
  • Bu gen sıralamasına mecA geni de dahildir.Bu gen bakterilerin antibiyotik metisiline karşı dirençli olmalarını sağlıyor.

Prostate-specific antigen

  • Sinonim :Prostate-specific antigen (PSA),  gamma-seminoprotein veya kallikrein-3 (KLK3), prostataspezifische AntigenPSASemenogelase veya Kallikrein-3)
  • KLK3 Geninin kodladığı glycoprotein enzimidir.