Dişi bireylerin genotipi genellikle 46,XX şeklindedir. Bu durum, her somatik hücrede iki X kromozomunun bulunduğunu ifade eder. Dolayısıyla kadın bireyler, X kromozomu bakımından homozigot yapıdadır.
Ancak her iki X kromozomunun da aktif olması, gen dozu açısından dengesizlik oluşturabileceği için embriyonal gelişimin erken evrelerinde bu denge X kromozomu inaktivasyonu (XCI) yoluyla sağlanır. Lyon hipotezi olarak bilinen bu mekanizmada, rastgele seçilen bir X kromozomu epigenetik yollarla susturularak Barr cisimciği adı verilen heterokromatik yapıya dönüşür. Bu olay hücreden hücreye değişiklik gösterdiği için kadınlar mozaik gen ekspresyonuna sahiptir.
Not: Her hücrede rastgele bir X kromozomunun inaktive edilmesi, X’e bağlı bazı hastalıklarda fenotipik çeşitliliğin temel nedenlerinden biridir.