Sodyum aljinat, esas olarak aljinik asidin sodyum tuzundan oluşan lineer bir polisakkarittir. Aljinik asidin moleküler yapısı, iki farklı üronik asit monomerinin kopolimerizasyonundan meydana gelir:
- β-D-Mannüronik asit (M blokları): Piranoz halka konfigürasyonunda, 1→4 glikozidik bağlarla bağlanmış D-mannüronik asit birimleri.
- α-L-Gulüronik asit (G blokları): Piranoz halka konfigürasyonunda, 1→4 glikozidik bağlarla bağlanmış L-gulüronik asit birimleri.
Bu iki monomer, polimer zincir boyunca değişen oranlarda ve farklı dizilim desenleriyle bulunur:
| Blok Tipi | Yapı | Özellik |
|---|
| Homopolimerik M blokları | MMMM… | Yüksek esneklik |
| Homopolimerik G blokları | GGGG… | Jel oluşturma kapasitesi |
| Heteropolimerik MG blokları | MGMGMG… | Ara özellikler |
Aljinat molekülünün genel formülü: (C₆H₇NaO₆)ₙ
Ortalama moleküler ağırlığı, kaynak alg türüne ve ekstraksiyon koşullarına bağlı olarak 10.000–600.000 Da aralığında değişmektedir.